巧克力囊肿属于子宫内膜症的一种，容易引起痛经，比较好的治疗方式就是受孕，或者用药物达到闭经的状态。如果现在有闭经，不调理也可以的让卵巢囊肿自己畏缩一下。必要也可以通过手术切除治疗的。
是会萎缩的。巧克力囊肿，绝经后受体内激素影响，子宫萎缩，巧克力囊肿也会随之萎缩，定期复查就可以了。精神放松，保持心情舒畅，不要吃辛辣刺激性食物，不要吃垃圾食品，不要吃含激素的食物，可以用药物进行治疗，也可以配合中药，进行治疗。
卵巢囊肿不会引起闭经。巧克力囊肿最明显的症状就是月经来的时候疼的厉害，月经期长，巢囊肿分为两种类型，生理性的卵巢囊肿和病理性的卵巢囊肿。因为每个月经周期，女性卵巢内卵泡都有一个卵泡逐渐的长大，长大成熟以后，这个卵泡就要破裂，破裂以后里边的卵子才能够排出来。生理性的囊肿是卵泡长大后，卵泡无法破裂，卵子无法排出，所以卵子无法与精子结合，不能受孕。但是卵泡内的颗粒细胞是会发生转变的。
在巧克力卵巢囊肿的治疗方法中，其实西医的治疗方法比较快，但是中医的治疗方法对身体比较好，中医主要是采取中药进行调理，中医认为人是一个统一的整体，一切的疾病都是由于身体内部的阴阳失衡的结果，因此中医进行治疗主要就是调理身体的阴阳平衡，治疗疾病，缓解身体症状。患有巧克力卵巢囊肿需要坚持的服用一些药物，这样才能够帮助尽快的治疗好自身的疾病，防止疾病逐渐的严重。
闭经后囊肿可以缩小，但不会好，停药后又会生长。一般巧克力囊肿和来月经就有一定的关系等不来月经的巧克力囊肿慢慢会萎缩的。及时进一步检查确诊是否有可能是妇科恶性疾病的情况以便及时做出正确的处理方案。