巧克力囊肿是不能自愈的，所以得了巧克力囊肿一定要尽快的去当地正规的三甲医院进行医治，一般是通过手术和药物医治的，平时一定要注意饮食清淡，不要吃过于清淡的食物，平时要注意好的睡眠。
巧克力囊肿一般是不会自行痊愈。如果能放任其继续生长，会有一个破裂或者癌变的风险。巧克力囊肿有良性和恶性之分。囊肿直径小于三厘米，就为良性囊肿。大于三厘米，则为恶性囊肿。
初期巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种表现。巧克力囊肿在不采取任何治疗措施的情况下可能不会自行恢复。有一种极为特殊的情况，即怀孕后，在孕期月经不会来潮，这些异位的子宫内膜就不会出血，也不会生长，则有可能慢慢萎缩，从而使得巧克力囊肿自行恢复。而除此之外，巧克力囊肿可能不会自愈。
巧克力囊肿自愈的性不大，除非绝经月经不来了，卵巢巧克力囊肿是可以慢慢自行吸收，自行消退。巧克力囊肿是子宫内膜异位到卵巢而形成的，这个病的特点就是痛经，并且呈逐渐加重的趋势。
巧克力囊肿是不会改善的，如果任其继续生长，会有一个破裂或者癌变的风险。巧克力囊肿有良性和恶性之分。判断是根据其囊肿直径是否小于三厘米。囊肿直径小于三厘米，就为良性囊肿。大于三厘米，则为恶性囊肿。巧克力囊肿如果小于三厘米，比较轻微，但是也不能改善。还是得采取治疗。
不能，巧克力囊肿一定要及时治疗，如果能放任其继续生长，会有一个破裂或者癌变的风险以免错过较好的治疗时机。同时应该保持一个比较良好的作息习惯和饮食规律。不要想着会自行痊愈。