避孕药可能会刺激子宫内膜脱落，导致撤退性阴道出血。
长期服用紧急避孕药也可能造成不孕和闭经，孕避孕药由于其具备抑制，延迟排卵的作用和抑制子宫内膜脱落的作用，可使下次月经延期，也可能由于临时用药造成的一次性血液中激素水平的暂时升高，下降后发生撤退性出血，表现为月经提前，避孕药的副作用可能导致内分泌紊乱、月经不调、闭经、不孕或者肠胃不适、头痛、体重增加、神经紧张、情绪低潮、皮肤色斑和粉刺等。
建议不要把紧急避孕药作为常规的避孕方法来使用，建议在日常生活中如果想避孕，可以用避孕套给予避孕。也可以上节育环进行避孕，并且副作用相对非常小。
紧急避孕药会短时间内多次服用会引起月经不调，排卵改变的。最主要的是会发生撤药性出血，恶心，呕吐，头晕，乏力等。当然，如果在没有保护措施的情况下同房啦，可以偶尔服用一两次，一年最多不能超过三次，一个月不超过两次。
通常情况下，如果在同房后72小时内吃紧急避孕药，怀孕的几率通常较小；如果超出72小时，怀孕的几率较大。
紧急避孕药是一种短效避孕药，一般在同房后72小时吃效果最好，如果患者在同房后72小时内吃紧急避孕药，避孕效果较好，怀孕的几率通常较小；如果患者吃紧急避孕药的时间超出了72小时，可能会影响避孕效果，怀孕的几率较大。
连续一年每个月吃一次紧急避孕药，有可能会影响避孕效果，而且可能会造成内分泌失调。偶尔服用一次紧急避孕药，有可能会导致月经提前或者延迟，也可能会造成2到3个月内的月经不规律。
紧急避孕药如果只是偶尔服用一次危害不大，经常服用会影响卵巢功能。
偶尔服用紧急避孕药，大概3至5天左右的时间药物就可以完全代谢掉，而对于经常服用紧急避孕药的女性来说，可能会造成女性内分泌紊乱，月经周期改变，甚至是不孕。除此之外，紧急避孕药的副作用还有恶心、呕吐、不规则子宫出血、排卵期改变等，部分女性还会出现乳房胀痛、头痛、头晕、乏力等情况。
建议女性朋友最好不要经常服用紧急避孕药，一般建议一年不要服用超过三次，如果没有准备好怀孕，可以通过戴避孕套/节育环等方式避孕。