巧克力囊肿是指子宫内膜异位到了卵巢上面，形成卵巢子宫内膜异位的病灶。每个月卵巢部位异位的子宫内膜也产生增生，脱落，出血，但是因为卵巢没有通向阴道的出口，所以脱落的内膜以及血液不能排出体外，所以随着时间的延长积血越积越多，卵巢巧克力囊肿形成并且巧克力囊肿会越来越大。对于巧囊直径大于五厘米，手术治疗。
巧克力囊肿又叫“卵巢子宫内膜异位症”，这是子宫内膜“跑”到了卵巢组织内部，并和子宫同步出现周期性出血，这些陈旧血液，日积月累变成了巧克力样的颜色，故叫巧克力囊肿。形成巧克力囊肿时间是比较久的。调整好自己的心态。有些时候，心理上的压力会导致月经异常。精神上受挫折、压力大等负面情绪，均会造成月经异常，所以女性朋友必需调整好自己的心态，保持良好的心态非常必要。
主要是具有活性的子宫内膜细胞种植在卵巢上，并且随着卵巢周期性的变化而发生变化，比如在周期性的子宫内膜脱落出血形成临床月经的时候，种植在卵巢上的子宫内膜也会出现周期性的出血现象。
巧克力囊肿是子宫内膜异位到卵巢上，在卵巢的部位随着月经周期的改变也发生周期性的变化，久而久之就形成了一个囊肿，囊肿的内容物就是类似于月经颜色的陈旧性的血液，因此而得名为巧克力囊肿。所以在治疗上首选的应该是手术治疗，术后还要后续的应用相关的药物来预防巧克力囊肿的复发。
卵巢巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种病变。子宫内膜生长在子宫腔内，受体内女性激素的影响，每月脱落一次，形成月经。如果月经期脱落的子宫内膜碎片，随经血逆流经输卵管进入盆腔，种植在卵巢表面或盆腔其他部位，形成异位囊肿，这种异位的子宫内膜也受性激素的影响，随同月经周期反复脱落出血。
1.卵巢囊肿是卵巢肿瘤的一种，可能是良性，也可能是恶性，所以发现此病以后，首先要确诊是良性还是恶性。另外，应注意有时卵巢出现好像囊肿一样的改变，但并不是囊肿，如多囊卵巢、黄体囊肿、卵巢处的子宫内膜异位症等。2.对于卵巢囊肿，通常卵巢囊肿直径大于五公分，就要进行手术切除，对于良性卵巢囊肿的手术治疗采取卵巢囊肿切除术、输卵管卵巢切除术。