巧克力囊肿不治疗，主要是影响怀孕，另外如果长期不治疗可出现痛经、持续性下腹疼痛、月经失调。巧克力囊肿，通常是需要考虑手术处理的，也只有手术才可以彻底的解决问题。
导致水肿。卵巢囊肿病患除了能感觉到食欲不良、体重减轻和腹部肿胀之外，还可能引起呕吐、发烧和腹部剧痛；后期甚至会导致腹部与四肢发生水肿。危害，发生癌变。卵巢囊肿增大极易发生感染、扭曲、出血或爆裂，给病患带来生命的威胁。有些肿瘤性的囊肿甚至会发生癌变。
巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种，如果不治疗囊肿会不断的增大，而且会影响到月经，还会导致不孕。另外大的囊肿容易发生扭转和破裂，这是非常危险的，还会有痛经的情况，一旦确诊就要积极治疗，选择治疗方案很重要，可以中医保守治疗，百通疗法治疗巧克力囊肿效果显著，可以使其逐渐的软化缩小甚至消失，而且可以提高卵巢功能促进不孕妊娠，不妨了解一下。
卵巢巧克力囊肿不治疗会影响怀孕，所以要及时治疗。可以选择药物治疗，通常是采用性激素进行治疗，原理就是通过抑制雌激素合成，使得异位的内膜出现萎缩。也可以手术治疗，手术是微创术，开口小，恢复起来快。
正常卵巢囊肿不治疗，自己好的可能性很小，特别是年轻女性激素活动频繁，更降低囊肿的自愈几率。如果不治疗可能会变大，卵巢囊肿万一变大，就可能使下腹或背部隐隐作痛或感到肿胀。
巧克力囊肿不进行治疗，对于女性身体的健康的影响还是非常大的，尤其是不够重视疾病，病情越拖越严重，不但会影响到女性的正常生活，导致女性不孕，甚至恶变影响到生命安全，所以必须要选择正规的妇科医院进行治疗。