巧克力囊肿是子宫内膜异位症引起的卵巢囊肿，这种是妇科病，需要挂妇科号就诊的。巧克力囊肿如果超过五厘米，是需要考虑手术的，可以在月经干净后去医院B超检查，了解囊肿的大小，结合月经情况，有无怀孕打算来决定治疗方法，如果是手术，可以考虑腹腔镜手术。
一般的三甲医院都可以进行治疗，要就近选择公立的正规三甲医院就可以。巧克力囊肿是妇科常见的疾病，虽然是一个良性疾病，但有恶变的可能，要早发现早治疗，目前多采用腹腔镜手术切除巧克力囊肿，然后配合药物治疗。
巧克力囊肿根据现在囊肿的体积采用不同的治疗，较大的囊肿，药物是不能解决问题的，需要配合其它的治疗，囊肿小你可以住院观察一段时间，增大就通过腹腔镜手术切除，巧克力囊肿单纯的口服药物是不会起到很好的效果的，平时多注意休息，忌辛辣食物。
出血性卵巢巧克力囊肿：饮食宜吃羊血、螺狮、淡菜、乌贼、荠菜、藕、蘑菇、马兰头、石耳、柿饼。感染性卵巢巧克力囊肿：饮食宜吃鳗鱼、文蛤、水蛇、针鱼、鲤鱼、麒麟菜、芹菜、芝麻、荞麦、油菜、香椿、赤豆、绿豆。
卵巢巧克力囊肿通常是可以治好，但是在治好以后有可能再次复发。尤其是双侧卵巢巧克力囊肿，而且囊肿又比较大的时候，即使是行腹腔镜手术将囊肿切除，在手术后半年以上有可能再次出现巧克力囊肿。这可能是由于异位的内膜，在手术的时候没有彻底剥离干净，而在手术后卵巢又会分泌雌孕激素，所以就会导致异位病灶再次复发。