卵巢巧克力囊肿又名卵巢子宫内膜异位囊肿，是子宫内膜异位症的一种病变。如果月经期脱落的子宫内膜碎片随经血逆流经输卵管进入盆腔，种植在卵巢表面或盆腔其他部位，形成异位囊肿，这种异位的子宫内膜也受性激素的影响，随同月经周期反复脱落出血，如病变发生在卵巢上，每次月经期局部都有出血，使卵巢增大，形成内含陈旧性积血的囊肿，这种陈旧性血呈褐色，黏稠如糊状，似巧克力，故又称“巧克力囊肿”。
卵巢巧克力囊肿是子宫内膜异位症，正常子宫内膜是在子宫内，随激素变化子宫内膜脱落产生月经。子宫内膜长到卵巢内，也会产生月经，就无法排出体外，然后就会就形成囊肿，里面的出血是陈旧性的，就像融化的巧克力。
卵巢巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种。因为发生在女性输卵管、卵巢这些部位，随着来一次月经，异位的内膜出一次血，然后会慢慢的在氧化的情况下，就变成巧克力色，所以这种时候临床上比较形象地叫巧克力囊肿。
卵巢巧克力囊肿的常见症状，性生活痛、这是卵巢巧克力囊肿最明显的症状，子宫直肠窝阴道后穹隆，宫骶韧带等部位的子宫内膜异位症等均可发生性生活痛，而且常于月经前较为明显；白带异常；痛经；即使没有避孕也不会出现怀孕的情况。
子宫内膜异位于卵巢深部，经血潴留形成的囊肿。积血多呈巧克力糊状，常因表面出血或囊壁破损而与邻近器官粘连，病人有月经紊乱、痛经、不孕等表现，可手术切除。这是由于经血无法排出，积聚在卵巢，形成囊肿。