目前可以用雌激素替代疗法，同时预防骨质疏松症。然而，长期使用任何类型的雌激素都有诱发子宫内膜癌的风险。现在主张使用人工和孕酮人工循环疗法来诱导周期性子宫出血。由于子宫内膜的定期脱落，可以预防子宫内膜癌的发生。
治疗费用视情况而定。卵巢发育不良的女性在治疗的时候可以使用促排卵药的方法来帮助强制排卵，如果女性出现卵巢发育不全现象，很有可能会对卵子的产生造成一些影响，甚至还会导致女性出现不孕不育现象，对于卵泡发育不良者，一般可采用促排卵药物。
卵巢发育不全医治方法有：使用激素医治，可使用具有混合激素的替勃龙医治，也可使用生长激素医治，对生活造成了很大的不便，所以要尽快的去当地正规的三甲医院进行医治，平时要注意休息，养成良好的生活习惯。
这种病还没有好的治疗方法，目前可以用雌激素替代疗法，同时预防骨质疏松症。然而，长期使用任何类型的雌激素都有诱发子宫内膜癌的风险。现在主张使用人工和孕酮人工循环疗法来诱导周期性子宫出血。一方面，对病患来说是一种心理上的安慰，另一方面，由于子宫内膜的定期脱落，可以预防子宫内膜癌的发生。
卵巢发育不全系外整倍体中单体型染色体数量畸变。用雌激素刺激乳房和生殖器发育效果良好但需长期使用。过早应用雌激素促使骨骺早期愈合。一般先促进身高，骨骺愈合后再用雌激素使乳房和生殖器发育。
可以使用雌激素、孕激素做替代疗法。单纯的生长激素治疗，雌激素加雄激素治疗、雌激素加孕激素加生长激素的治疗，与孕激素加生产激素治疗的疗效相近，治疗目的主要是促使卵巢功能。