人工流产：女性反复进行人工流产也会增大发生巧克力囊肿的几率，因为在进行宫腔手术时，子宫环境会因为仪器产生的压力而变化，导致子宫内膜碎片随着经血逆流进入盆腔当中，在卵巢扎根后就会随着月经期逐渐生长，最终引起不同程度的巧克力囊肿。
巧克力囊肿主要是由于内分泌紊乱所致，较小的卵巢巧克力囊肿，不易发生破裂。卵巢巧克力囊肿的药物治疗效果差，难以消除，当囊肿增大，自发破裂的风险开始出现，并逐渐增加，长到一定大小，自发破裂常难以避免。
有分娩、多次流产、生理原因、输卵管梗阻、内分泌因素、子宫内膜异常、频繁性生活等身体异常发现。巧克力囊肿可能导致月经不调，严重可能在一定程度上影响痛经和不孕。
巧克力囊肿是一种子宫内膜异位症，被称为巧克力囊肿，因为里面含有长期淤积的血液积成棕色像糊状和巧克力一样，子宫内膜异位症的发病机制仍不确定，可能和女性伤患之前不正常的妊娠行为，如流产，异位妊娠等导致。也可能是精血倒流等因素导致的。
卵巢巧克力囊肿，这是子宫内膜异位到卵巢导致的。可以用中成药保守治疗，严重，也可以采取手术治疗。因为中成药的效果有时候不是很明显的，中成药治疗时间长。平时不要吃辛辣刺激的食物，注意卫生。
引起原因：内分泌失调所致：卵巢是产生卵子并且排卵、内分泌激素、平衡内分泌的一个重要生殖器官，而左附件巧克力囊肿的问题高发于内分泌旺盛的生育年龄。生理因素影响：巧克力囊肿是因为月经期子宫壁脱落的子宫内膜碎片而导致引流不畅，从而不能使碎片经由阴道排出，而影响其从阴道流出的，有阴道闭锁、子宫颈口狭小、子宫颈口年龄等，都是导致巧克力囊肿发生的原因。
