如果是单纯的卵巢囊肿，小于4cm的，可以不用治疗，机体能够自己吸收。如果是大于4cm或者为巧克力囊肿，可以考虑手术或者介入治疗。手术治疗可以剥除囊壁，介入疗法创伤小，但是有一定的复发率。
治疗卵巢囊肿，当地的三甲医院就可以，不过到专科医院也就是妇科医院相对更好一些。卵巢囊肿的危害主要体现在卵巢囊肿变大，就可能使病人的下腹或背部隐隐作痛或感到肿胀。囊肿也可能挤压膀胱导致频尿或排尿困难。囊肿甚至有可能演变成并发症、感染、变得扭曲、出血或爆裂甚至影响怀孕。
卵巢囊肿恶性治好率在早期较高，但早期发现困难，可通过妇科的组织活检检查出来。对于卵巢癌治疗有研究显示，卵巢癌病人如果能得到早期诊断，其存活率可能达90％左右，但如果发展到癌症晚期，存活率则只有百分之二十。
卵巢囊肿蒂扭转是一种常见的妇科急腹病，大约10%的患者会出现蒂部扭曲。一旦发现，立即进行外科治疗，以切除患者一侧的肿瘤及一侧的附件为主。瘤蒂较大，中心向一边倾斜，其蒂部在突变时可能会出现，而扭转的蒂取取自盆腔的漏斗韧带、卵巢固有韧带及输卵管。临床上常见的临床表现为：体位性变化后，会出现一种突发性的腹痛，并伴有恶心、呕吐、休克等。如果出现该情况，建议患者及时进行治疗。
一般情况下，卵巢囊肿患者可以通过医学检查、手术治疗等方式进行治疗。具体情况分析如下：
如果是直径在5cm以下的卵巢囊肿，同时检查CA125、CA19-9、CEA、AFP等指标是否在正常范围内，可以在月经结束后进行妇科彩超检查。如果是一个直径超过5cm的卵巢囊肿，同时还要做妇科彩超检查。卵巢囊肿外科治疗通常是对有需要或尚未绝经的妇女，应行腹腔镜下摘除或剖腹切除。如果是绝经期后的妇女，或者是因为有恶性肿瘤的原因，需要进行手术治疗。
恶性卵巢囊肿属于恶性程度比较高的肿瘤，虽然有很多治疗方法，治好的可能性比较小。主要是手术、化疗、放疗等多种方式结合进行医治，可以尝试中医进行调理，要合理饮食，营养均衡，忌食生冷寒凉及辛辣刺激的食物。