巧克力囊肿都是由子宫内膜异位症导致的，如来月经的时候，痛经并不严重，只是偶尔的小肚子有点疼痛，这个不需要做手术，可以观察看，如明显的长大或者是痛经严重，就应该考虑做手术治疗了。
巧克力囊肿的症状主要是月经量多、痛经、腹部包块，应该来说去当地医院检查下，在医生的嘱托下，进行积极治疗，服药期间不吃辛辣刺激的食物，平时多喝水，温水清洗外阴，保持局部清洁，内裤开水消毒，不要有性生活。
卵巢巧克力囊肿是子宫内膜异位症中最常见的一类，卵巢巧克力囊肿随着病程的延长，囊肿内积血的不断增加，囊肿体积也随之增大。当囊腔内积血过多、压力过高时，可撑破囊壁薄弱部卵巢巧克力囊肿分，发生囊肿自发性破裂，囊内流出部分积血，压力降低后，囊壁破口常可自行复合。确诊为巧克力囊肿，一定要及时治疗。以免错过治疗时机。
轻微巧克力囊肿应该是可以治好的，应该来说去当地医院检查下，在医生嘱托下，积极进行治疗，在服药期间不吃辛辣刺激的食物，必要时去医院做详细的检查，对症治疗，平时要注意个人卫生，不要熬夜，保持充足的睡眠。
巧克力囊肿不会自行好的，如果能放任其继续生长，会有一个破裂或者癌变的风险。巧克力囊肿有良性和恶性之分。判断他们的依据其囊肿直径是否小于三厘米。囊肿直径小于三厘米，就为良性囊肿。大于三厘米，则为恶性囊肿。巧克力囊肿如果小于三厘米，也采取一定的药物治疗。
可采用药物或（和）手术治疗。术方式有开腹手术和经腹腔镜手术两种。腹腔镜手术是本病妥当的处理方法。目前认为以腹腔镜确诊、手术+药物为内异症治疗的金标准。有条件的医院，腹腔镜手术应为内异症的首选治疗方法。但腹腔镜手术的选择及效果在很大程度取决于设备、器械和手术者的经验及技巧。开腹手术可用于腹腔镜条件不具备或非常复杂的手术，如严重粘连和有多次手术史者。