宫腔镜下可见巧克力囊肿子宫内膜样组织。之所以被称为“巧克力囊肿”，是因为古老的淤血保留在囊肿内，如巧克力糊的颜色。虽然在发病初期只有小囊肿，但如果长期不注意治疗或持续服药，每次月经痉挛前后腹痛严重，病人往往会因异位子宫内膜组织而在卵巢激素的影响下出现周期性充血、出血、剥脱等月经样变化，也称为“卵巢子宫内膜异位症”。
卵巢巧克力囊肿的形成就是子宫内膜异位症，内膜异位到了卵巢，疾病特别就是只要还有月经，容易复发和转移。这是良性疾病。疾病长久以后还有一个特别就是：肯定形成严重的盆腔炎性粘连，导致慢性盆腔疼痛。所以建议术后配合中成药清热解毒抗粘连。
这种疾病又叫做卵巢子宫内膜异位囊肿，是子宫内膜异位症的一种病变，是指子宫内含有陈旧性血液和朱古力差不多，患有这种疾病大多数人都是属于良性肿瘤，但是也不排除会病情会恶变。
卵巢巧克力囊肿又叫子宫内膜异位症，是子宫内膜长在卵巢上面而形成的囊肿，这是由于卵巢上面的子宫内膜会随着月经周期中激素水平的变化而发生变化，这个时候异位的内膜会在卵巢里面生长，发生周期性的出血，就会形成单个的或多个的囊肿，这样的囊肿里面会有陈旧性的血液，像巧克力一样，所以就称之为巧克力囊肿。
巧克力囊肿蒂扭转指的是卵巢囊肿因为体位等变成发生了扭转，是妇科很严重的疾病。约10%卵巢肿瘤并发蒂扭转。好发于瘤蒂长、中等大、活动度良好、重心偏于一侧的肿瘤。常在病人突然改变体位时，或妊娠期、产褥期子宫大小，位置改变时发生蒂扭转。
是由于子宫内膜异位到盆腔内的卵巢、附件后，每次来月经期时，异位的子宫内膜细胞也少量出血，由腹膜包裹，再出血再包裹，月复一月的积聚，其间也由腹膜吸收一部分，剩下的变成一种陈旧性积血，颜色如同巧克力样地咖啡色，因而得名为巧克力囊肿。