卵巢囊肿分和病理性，生理性的可随生理周期的变化可以自然消失。由于疾病生成的病理性的囊肿，往往需要手术来明确诊断并作相应的处理。有囊肿时先要检查确定为生理还是病理性，再做处理。病理性的卵巢囊肿做微创手术，术后两周就可以恢复了，若是做开腹手术，需要休息一个月才可以恢复。
卵巢囊肿有良性、恶性、交界性之分。良性囊肿如滤泡囊肿大都在5厘米以下3厘米左右，此时应观察三个月，若两个月左右的时间内滤泡囊肿缩小或未增大，那么过一段时间后囊肿便会自行消失，但若囊肿继续增大(大于5厘米)就必须手术治疗了。
早期卵巢囊肿，如囊肿直径小于5厘米，又无证据提示肿瘤，多为功能性囊肿，可以密切随访，即2－3个月检查一次，以后再根据情况调整检查间隔时间；若囊肿直径大于5厘米，则多为卵巢肿瘤，一般需要手术治疗。
卵巢囊肿要看肿瘤的大小数目来确定治疗方案。治疗方案不同，治疗的时间也不同。卵巢囊肿是需要手术的，一般需要住院10天左右。术后要注意多休息，保持情绪的稳定，心情愉悦。
中药对液性左卵巢囊肿一个治疗30天就可以达到很好的疗效，暂时不必选择手术。卵巢囊肿分成液性囊肿，囊实性囊肿（又称混合性囊肿），浆液性囊肿，粘液性囊肿，巧克力囊肿及皮膜下囊肿（又称畸胎瘤）等类型。首先要就医院Ｂ超诊断中可以鉴别出是什么性质的囊肿。目前保守治疗最有疗效的就是液性囊肿。
卵巢囊肿需要治疗1个月时间。最常见的治疗方法主要包括药物治疗和手术治疗的方法，由于药物疗法具有一定的局限性，大部分还是要采用手术的方法进行治疗。如果囊肿直径小于5cm，没有明确症状可以不用管。