这种病是子宫囊肿的一种，属于良性病变，它最棘手的地方在于会伴随有增生、转移、复发等情况的出现，而且会造成痛经、月经失调等情况，因此还是及早治疗比较好。采用手术治疗的方式，和用药保守治疗比起来能够大大减少复发的几率，但是术后需要服药三个月左右进行巩固治疗，另外需要随时复查。
良性巧克力囊肿是指囊肿直径小于等于3厘米。良性巧克力囊肿并无明显症状。每个人病情的严重情况不一样，有些病人在良性巧克力囊肿的时候会出现不孕，月经失调，痛经等症状，但有些病人却并不会出现症状。
巧克力囊肿确诊良性还是恶性应该予以手术探查的，囊肿切除之后立刻在手术室里进行冷冻切片显微化验，以确定囊肿是属良性或恶性。这种囊肿可以逐渐增大，有时会在经期或经后发生破裂，但很少发生恶变。
巧克力囊肿的复发几率还是非常高的。在临床上，如果巧克力囊肿的病人术后没有给予相应的干预，绝大多数都会出现复发的情况。主要是因为巧克力囊肿由具有活性的子宫内膜细胞种植在卵巢，才引起的这种囊肿，手术很难把这种活性细胞完全根除掉，所以就会复发。
巧克力囊肿是卵巢囊肿的一种，一般又称之为“子宫内膜异位症”，因为是子宫内膜碎片漂移到卵巢而引发的疾病。多发于30-40岁的女性，并有继发性渐进性的严重痛经，平时有触痛。囊肿一旦破裂会出现急性腹痛。囊肿常常与周围的组织粘连，影响卵细胞捡拾而导致管腔阻塞。使正常的排卵受到阻止，并造成女性不孕。
卵巢巧克力囊肿是由于子宫内膜异位导致的，是良性的，这种囊肿可以逐渐增大，有时会在经期或经后发生破裂，但很少发生恶变，卵巢巧克力囊肿主要表现是痛经，所以应及时进行手术治疗。