卵巢巧克力囊肿又称为80%左右，病变可累及一侧卵巢。那么，若是轻微的卵巢巧克力囊肿，病人可以采用保守治疗或是药物治疗的方法治疗，同时女性病人也可采用中医疗法，是目前比较流行的一种治疗方法，虽然治疗时间漫长，但效果是比较好的。常见的药物疗法主要有假孕疗法，假绝经疗法等，但这些药物只能缓解部分的病情，控制疾病的发展，停药后会有复发的可能。
巧克力囊肿子宫内膜异位症的一种，是外源性子宫内膜异位症的一种，这种病在西医上北称为：“不死的癌症”是一种经久反复的疾病。这种病中医保守治疗。中医保守治疗只要对症就能见效，中医保守治疗后复发率低。对于有生育要求的，建议中医保守治疗。
卵巢子宫内膜异位囊肿又名卵巢巧克力囊肿，也是较为常见的卵巢囊肿，是由于子宫内膜异位症波及卵巢在卵巢内形成含有巧克力样粘稠液体的囊肿。肿块的大小不一，大的直径可在十厘米以上。常有进行性加重的痛经、性交痛、不孕以及月经失调。妇科检查时盆腔有触痛性结节。卵巢巧克力囊肿的治疗要根据年龄、囊肿大小、痛经程度、有无生育要求等综合考虑，分别采取药物、保守性手术直至好的性手术治疗。
发现患有巧克力囊肿的时候一定要积极的进行手术的方式治疗，因为手术的方式治疗卵巢巧克力囊肿是目前为止能够较为彻底地清除囊肿的一种治疗方式，而且通过手术的方式还可以有效的缓解痛经，提高生活质量，对于有不孕症的病人，手术之后妊娠率能够得以提高。
巧克力囊肿，会降低怀孕几率的，是手术治疗以后再怀孕比较安全。是治疗后在怀孕，以免引起怀孕几率下降。如果已经怀孕，巧克力囊肿是不会影响到胎儿发育的。如果怀孕后期没有骨盆异常可以尝试阴道分娩。
严重，如果卵巢囊肿是巧克力囊肿，它会影响妊娠。大多数原因不明的不孕症可能是由子宫内膜异位症引起的。如果你没有怀孕，你应该接受手术。其典型症状是与月经周期密切相关的进行性和加重性痛经。