口服药物进行药流，有引起流产不干净的可能，若诊断出药流不干净，可以尝试再次运用药物缩宫将残留的组织排出来。但如果还不能流下来，则必须进行清宫手术。否则遗留在子宫内的妊娠组织会造成感染、出血、不孕等严重的后果，严重威胁生殖器健康，甚至还会造成生命危险。
如彩超检查提示孕囊或胎芽未排出，可于早晨及下午置药，如两次置药无明显疗效，应当进行人流手术，俗称清宫，以排出孕囊。如药流后子宫内残留的脱膜组织或血块大于2cm，且超过半个月，应当进行清宫操作，如脱膜组织或血块小于1cm，建议进行缩宫术，服用人工流产药物5天，服用避孕药21天，正常月经来潮后3-7天进行复查。
刮宫刮不干净容易导致长时间的流血，还会引起妇科炎症的问题，所以还是应该尽快的到医院先做一下B超的复查，可以根据残留的大小，选择治疗方法，如果残留不是不大也可以通过服用药物进行治疗，一般手术后1个月后复查，过性生活应采取避孕措施，出现流血过多或感染时，要积极治疗。引产后1个月内注意外阴部卫生，禁止性生活。根据引产经过情况，酌情使用子宫收缩药和抗生素，促进子宫复旧，减少出血，预防感染。是否发烧等。
药物流产之后由于滋养细胞凋谢得比较慢，常常有人20天左右才会完全干净，这是由于药流不干净所引起的，去医院做B超检查，如果发现宫内有残留的情况，及时的给予清宫手术。
药流不干净需要及时处理的，如果用药以后复查，还是有宫腔残留存在，如果残留时间有点长了，可以听从医生清宫处理，同时营养饮食，过一段时间再复查一下看。饮食方面要注意清淡，多喝水，多吃新鲜的蔬菜水果。