这两个是属于不同的疾病，子宫内膜异位症是由于子宫内膜移位于正常的宫腔向宫腔以外的组织生长，巧克力囊肿一般是由于体内的激素水平升高，形成的淤血块，发现之后立即通过手术进行切除之后再做个病理，子宫内膜异位症会导致进行性痛经，也可以通过手术进行治疗，或者是使用一些激素类的药物进行治疗。
子宫内膜异位症是一种常见的妇科疾病，对身体健康又严重的影响，而且还有可能导致女性的不孕，因此及时的发现和治疗子宫内膜异位症是非常重要的。目前，对子宫内膜异位症的检查通常采用以下三种方法：B超检查、X线检查和腹腔镜检查。
子宫内膜异位卵巢巧克力囊肿可以怀孕，但是怀孕的几率比较低。如果巧克力囊肿的周围没有粘连，输卵管通畅，卵巢有排卵，就能够怀孕。如果巧克力囊肿形成的时间较长，囊肿内反复出血，输卵管卵巢周围粘连严重，输卵管伞端粘连包裹，输卵管不通畅，就不能够怀孕。
子宫内膜异位症巧克力囊肿是可以吃豆制品的，在日常生活当中一定要注意避免使用果酸的食物，主要是因为酸性的食物本身就会起到固涩收敛的作用，这样很不利于血的畅行和排出，比如芒果、酸枣、荔枝，都要减少食用。
巧克力囊肿和子宫内膜异位症是不一样的。子宫内膜异位症是一种妇科疾病主要是由于生长在子宫腔以外的身体其它部位子宫内膜引起的一种病变。而巧克力囊肿主要是发生在卵巢上面，一般巧克力囊肿如果不是特别大的就不需要治疗，有的也会随着月经的来潮而逐渐消失。
子宫内膜异位症是指子宫内膜组织出现在子宫体以外的部位均称为子宫内膜异位症，异位子宫内膜可侵犯全身的任何部位如脐膀胱肾输尿管肺胸膜乳腺，甚至于手臂大腿处，而卵巢巧克力囊肿又称卵巢子宫内膜异位囊肿，它主要是由于一位的子宫内膜指种植在卵巢的体质内形成了单个和多个的囊肿，囊肿多呈灰蓝色，陈旧性的血液在囊内聚集形成了咖啡色样的粘稠液体是巧克力样是们俗称为卵巢巧克力囊肿。