没有什么预防的办法。平时注意卫生，另外就是生活尽量的规律，这样利于内分泌的稳定，减少月经失调，另外就是妇科等疾病概率，保持心情舒畅，加强锻炼，提高身体素质，定期复查。
预防巧克力囊肿复发可以吃一些药物治疗，口服丹那唑对巧克力囊肿有很好的治疗效果，如果想要孩子还可以通过怀孕的方式对巧克力囊肿复发有一定的效果，巧克力囊肿有的人绝经以后会有所缓解，平时一定要注意不要过度劳累，性生活不要太频繁，注意局部卫生。
巧克力囊肿是属于子宫内膜异位到卵巢引起的临床表现，子宫内膜异位症是指有活性的内膜细胞种植在子宫内膜以外的位置而形成的一种女性常见妇科疾病。临床常见症状为痛经，月经异常，不孕，性交疼痛等。术后药物治疗是规范月经周期，卵巢早衰与治疗无必然关联性。
巧克力囊肿手术后为了防止再次复发，术中需要冲洗盆腔，然后注射防止巧克力囊肿复发的药物。一般巧克力囊肿手术后为了防止复发，都是用药物让三个月不来月经，来达到预防复发的目的。
由于术后的前3个月比较重要，所以一般都可以术后打2-3次针，一个月1次，打针过程中一般月经不会来潮的，停针后会恢复的，定期做好检查腹部B超，看看子宫附件。平常生活当中要多休息避免劳累和熬夜，要多加强锻炼身体。
怀孕后对巧囊有一定的治疗作用，建议可以彩超监测卵泡，在医生指导下同房，同房后抬高臀部，以提高受孕的几率。建议经期避免剧烈运动，避免受凉，避免熬夜，注意经期卫生，少吃辛辣油腻生冷刺激的食物。