患有巧克力囊肿，还是会怀孕的。如果囊肿是单纯的，那么另外一侧肯定就是正常的排卵。如果囊肿是上册的，但是如果并不大，也不会影响到明显的排卵。所以说要根据自己的情况来判断怀孕的概率。是否能怀孕，不光是与囊肿有关，还跟卵子的质量，精子的质量，排卵阶段同房等都有很大的关系。
怀孕的机率大小与患者手术的成功率有很大的关系。如由于巧囊造成不孕的病人，手术后就可自然受孕。现在定期到医院做妇科就可以了，如果生育能力都正常就可受孕。在排卵期同房可以提高受孕。
巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种病变，会抑制排卵，影响怀孕，至于巧克力囊肿影响怀孕的几率大小多少，没有办法用数字概括。但是一旦发生巧克力囊肿，在病情不是特别严重的情况下，应积极的备孕，备孕期间可以通过促排药物来促进排卵，提高怀孕的成功几率。
如果已经怀孕了，密切关注孕酮变化及巧囊大小变化；妊娠也是对巧囊的一种治疗和控制。巧克力卵巢囊肿治疗方法主要采用药物和手术治疗。药物治疗包括：假孕疗法，假绝经疗法等，但只能缓解症状控制发展，停药后，即复发，故对卵巢巧克力囊肿多主张手术治疗，手术治疗包括腹腔镜手术和开腹手术，可行囊肿剥离术加卵巢成形术，不需要生育的，行半保守手术，即全子宫切除加患侧附件切除术。
3-6个月。做完巧克力囊肿手术之后，子宫和附件还没有完全恢复，要注意休养一段时间。手术后，建议至少三个月在怀孕，让伤口有很好的修复，另外巧囊手术后半年到一年怀孕几率还是比较高的。
卵巢囊肿巧克力囊肿，主要的发病因素是因为子宫内膜异位症，卵巢囊肿巧克力手术以后是不会影响到怀孕的大部分子宫内膜异位症需要手术以后使用药物控制治疗一段时间。经过控制以后就能够等待自然受孕了。