发现患有巧克力囊肿的时候一定要积极的进行手术的方式治疗，因为手术的方式治疗卵巢巧克力囊肿是目前为止能够较为彻底地清除囊肿的一种治疗方式，而且通过手术的方式还可以有效的缓解痛经，提高生活质量，对于有不孕症的病人，手术之后妊娠率能够得以提高。
大部分的不孕症不明原因的都有可能是子宫内膜异位症导致的。可以先备孕两个月，如果不怀孕应该手术治疗的。典型症状就是进行性加重的痛经，跟月经周期密切相关。尽量的减少宫腔操作的次数。
巧克力囊肿最有可能导致不孕，女性应该及时确定病情后，进行腹腔镜或者手术治疗，饮食上宜清淡，饮食应富含营养，纠正偏食及不正常的饮食习惯，不宜常食刺激性食物、海产品，避免高度紧张及精神刺激，保持乐观情绪及充足睡眠。
卵巢巧克力囊肿破裂应该立马进行手术切除囊肿，术中要吸尽囊液、清除囊内物、彻底的冲刷盆腹腔；出血过多的时候，要及时给补充血液，及时手术清除囊肿，保护好卵巢、保全子宫，避免将来发生不孕。囊肿手术后，对机体机能损伤很大，一定要注意调理。
要到医院进行检查囊肿的大小，性质，增长速度等进行相关的治疗。腹腔镜下卵巢囊肿剥离术不需开腹不切除卵巢可最大限度保留生殖器官完整性及生育功能。腹腔镜手术治疗，再监测卵泡。在排卵期性生活怀孕几率最大。
卵巢巧克力囊肿破裂后一定要及时进行治疗，一般有手术治疗和药物治疗。如果置之不理可产生严重影响，可影响月经或者生育。平时作息时间要规律，饮食上要注意清淡，不要吃辛辣刺激行的食物，注意外阴部位的卫生，勤换洗内裤，平时多注意休息。