巧克力囊肿与体内激素水平有关，药物治疗仅仅能抑制内膜的增生，还不能完全治疗好，巧克力囊肿有缩小，可是采用药物治疗，但是不能盲目的治疗，如果想尽快要孩子，就需要通过手术治疗，因为药物治疗疗效慢。
巧克力囊肿属于子宫内膜异位症的一种表现，简单来说就是子宫内膜异位到卵巢上，每个月随着卵巢激素的周期性变化，局部出现出血，形成血肿，血肿内的血液经过吸收后，变得较为粘稠，成巧克力汁状。
巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种，即有生长能力的子宫内膜组织出现在子宫腔以外部位，就是子宫内膜出现在一个不该出现的部位。长在卵巢上的异位症经常形成囊肿，因囊肿内的出血日积月累，变得象巧克力浆一样，所以称“巧克力囊肿”。
巧克力囊肿下腹疼痛是因为质酸化身体发生其他组织的癌变，又因身体机能下降，身体组织液酸化导致的。身体组织液酸化，正常细胞就无法生存，形成真正的肿瘤实体，长期饮食结构、生活习惯不好、心理压力过大等因素造成体质过度酸化的原因。
卵巢巧克力囊肿微创后小腹还是这么大是巧克力囊肿手术后身体还没有恢复，会出现肚子大的症状，一月左右就会变小的。切除后可以上宫内的节育器，也可以口服短效的避孕药来进行调理，如果有什么不舒服的症状，需要及时进行治疗。
卵巢巧克力囊肿，又称卵巢内膜异位囊肿，是妇科病中最复杂的病，是最不易治疗的良性肿瘤。它到处粘连，四处流窜，治疗之后又很容易复发，缠绵难愈。无论是保守手术还是药物治疗，效果均不理想。