巧克力囊肿手术切除还需要用药物预防复发，要打针的，经常使用的药物有亮丙瑞林，至少要打三针，患者也可以尽早怀孕避免复发。注意休息，不要熬夜，避免劳累，保持心情轻松愉悦，以清淡饮食为主，忌生冷辛辣刺激性食物。
巧克力囊肿是属于子宫内膜异位到卵巢引起的临床表现，子宫内膜异位症是指有活性的内膜细胞种植在子宫内膜以外的位置而形成的一种女性常见妇科疾病。临床常见症状为痛经，月经异常，不孕，性交疼痛等。术后药物治疗是规范月经周期，卵巢早衰与治疗无必然关联性。
巧克力囊肿术后要打针，因为巧克力囊肿手术过程中一个很重要的步骤就是保护卵巢的功能，所以巧克力囊肿手术一般不会做的太好。所以术后巧克力囊肿复发的可能性比较大，为了巩固手术之后的效果，避免巧克力囊肿过早的复发影响受孕，通常都是需要打针的。
巧克力囊肿属于子宫内膜异位症的一种。正常子宫内膜生长在子宫腔内，如果这种子宫内膜组织生长在盆腔的其他部位，就形成子宫内膜异位症。巧克力囊肿手术切除还需要用药物预防复发，所以需要打针来消炎，一般至少要打三针。
卵巢巧克力囊肿是子宫内膜异位症在卵巢的病灶，囊肿是容易复发，不能保证以后一定不会复发，巧克力囊肿手术切除还需要用药物预防复发，要打针的，至少要打三针，也可以尽早怀孕避免复发。
复发几率不大。巧克力囊肿术后人的对侧卵巢或同侧卵巢可能有新的病灶，医生又要开始重新用药，甚至有可能要面临再次手术。如果这种病人做过2-3次的手术以后，卵巢体积就会缩小，也就预示着卵巢功能会下降，将来有可能面临早绝经，或者卵巢的抗缪勒氏管激素会下降，卵巢的储备功能下降。