巧克力囊肿是子宫内膜异位囊肿，一般正常子宫内膜在宫腔，有的病人因发生外在型子宫内膜异位症引起。卵巢囊肿一般在腹腔中，比较轻，活动度较好，不像巧克力囊肿可导致盆腔广泛粘连，这是最主要、最大区别。
黄体囊肿和巧克力囊肿的区别是什么黄体囊肿是卵泡发育过程当中形成的一个囊肿，算是正常的现象，不处理也是可以的，而巧克力囊肿是子宫内膜异位引起的囊肿，这个是需要治疗的，而且这个巧克力囊肿是很容易复发的。
巧囊和黄体囊肿的区别平时分辨不出来则需要去医院做检查为好，女性患卵巢囊肿的可能性更高，病变恶性卵巢癌的危害就更大。所以女性朋友平时做好对本病症的检查护理是关键，一旦发生囊肿破裂千万不能疏忽掉，一定要应紧急处理才是最重要的。
子宫内膜异位症是指子宫内膜组织出现在子宫体以外的部位均称为子宫内膜异位症，异位子宫内膜可侵犯全身的任何部位如脐膀胱肾输尿管肺胸膜乳腺，甚至于手臂大腿处，而卵巢巧克力囊肿又称卵巢子宫内膜异位囊肿，它主要是由于一位的子宫内膜指种植在卵巢的体质内形成了单个和多个的囊肿，囊肿多呈灰蓝色，陈旧性的血液在囊内聚集形成了咖啡色样的粘稠液体是巧克力样是们俗称为卵巢巧克力囊肿。
黄体囊肿是属于生理性的囊肿，一般是在排卵后出现，而在月经来潮前一周，可能会长到最大。如果黄体囊肿没有破裂，也没有扭转，这时就不会有任何的症状表现，只是偶尔检查彩超才会发现。宫外孕就是受精卵在子宫腔以外的部位发育，其中以输卵管、卵巢、腹腔以及子宫颈等部位的异位妊娠常见。由于输卵管发育空间窄小限制了妊娠囊的发育，如果妊娠囊发育过大容易发生输卵管破裂出血。
卵巢巧克力囊肿的常见症状，性生活痛、这是卵巢巧克力囊肿最明显的症状，子宫直肠窝阴道后穹隆，宫骶韧带等部位的子宫内膜异位症等均可发生性生活痛，而且常于月经前较为明显；白带异常；痛经；即使没有避孕也不会出现怀孕的情况。
