通常情况下，肌腱鞘囊肿的外科治疗方法有两种：
第一，可以选择最小的外科。比如说，在囊肿处刺破皮肤、囊肿，进行吊针，利用虹吸的原理，将肌腱内的囊液源源不断地排出。
第二种是直接开刀，同时进行清创，去除发红和肿大的肌腱。
患者应根据自身具体情况，并结合医生的建议来选择合适的外科手术，以便更好地改善病情。
腱鞘囊肿手术通常需要切除腱鞘囊肿。
腱鞘囊肿是一种囊性肿物，发生在腱鞘的位置，里面有透明或黄色的粘稠状液体。如果是腱鞘囊肿，通常会影响到关节的活动，出现剧烈的疼痛，可能需要进行手术。
在进行手术时，通常需要将囊肿完全切除，还可能需要将所连接的腱鞘一并切除。如果是由于关节囊滑膜疝出所致的腱鞘囊肿，则需要在关节囊底部进行缝扎，即在摘除囊肿之后将关节囊底部进行缝扎，避免出现腱鞘囊肿的再次出现。
腱鞘囊肿手术一般2个星期左右能恢复。
腱鞘囊肿通常出现在手上，在肢体的末梢，例如手腕，手指，脚背，通常需要两个星期的时间，之后三天换一次，两周拆线，拆线之后一星期内要注意不能接触到水和沐浴，这时候可以进行适度的屈伸运动，但要注意不要做过于频繁的屈伸关节，以免出现肌鞘囊肿。恢复期间，患者应避免提拿重物，以免影响手术治疗的效果，导致恢复时间延长。
腱鞘囊肿一般不需要特别的治疗，如果囊肿变大了，通常要做手术，不过在门诊就可以进行手术，不需要住院。
保守治疗无效，腱鞘囊肿会慢慢变大，并可能会压迫神经血管，需要手术切除，术后要保持伤口清洁、干燥、换药，同时要注意伤口的位置，避免重复活动，以免发生腱鞘囊肿的再次发作。
建议患者在正规的医疗机构就诊治疗，治疗后注意休息，避免劳累。
肌腱鞘囊肿术后，在工作中要注意用手的动作，术后3-4个星期以后，可以用手指进行活动。
腱鞘囊肿保守疗法无效，建议做外科手术，术后2个多月即可完全康复，术后要注意伤口的清洁和干燥，注意换药，不要接触到水分，以免引起细菌的化脓感染，治疗期间患者要注意保证充足的睡眠时间，养成良好的生活习惯，同时要定期前往医院进行复查，有助于病情的恢复。
腱鞘囊肿手术时应根据囊肿所在部位设计切口大小、长度及方向。一般情况下，医生都会沿着皮纹的方向，或者是比较隐蔽的地方，将囊肿完全切除。会不会留下疤痕，要看切口的大小和患者的体质，大部分人都会留下疤痕，也有少部分患者会因为疤痕体质而出现疤痕增生。任何侵入性手术都会在患者身上留下疤痕，包括腱鞘囊肿手术。疤痕是无法避免的，但是可以通过手术来保留疤痕，腕关节部位的腱鞘囊肿手术用腕关节镜，踝关节镜手术后只留一只眼。另外，在做完正常的腱鞘囊肿手术后用美容缝合可以减少疤痕的形成。术后可以使用尿素维E乳膏等药膏淡化疤痕。如果是疤痕体质，疤痕比较大，可以做消疤手术。