腱鞘囊肿多数病例无须特殊处理，主动注意休息，以免局部受创伤，切忌重复推拿按摩。一旦发生腱鞘囊肿时，可以采取保守性的方法来治愈，主要包括手术以及药物治疗等方面。如局部有某种疼痛表现，并压迫血管神经，导致相应病症，或腱鞘囊肿渐大，此种情况需积极处理。
此外，患者日常应该避免摩擦患处，以免导致病症持续加重。
腱鞘囊肿按多久都无法治愈。
腱鞘囊肿推拿无法根治，只不过，们对某些囊壁比较薄的囊肿，按摩时可能把囊壁压碎，使囊液向外渗漏，体积变小罢了，这样以后囊肿反复发作的可能性还会更大。所以说要想彻底根治这个病还得做一个小手术。若腱鞘囊肿扩大至已影响患肢之形态与功能，那们就是推荐手术治疗，把囊肿摘除，术中需寻找其蒂部，结扎，这使得其手术后复发几率很低。
可以在门诊手术室就可以进行的。跟一般软组织手术愈合时间一样，一般伤口愈合要两个星期左右，其间一般要注意切口卫生，因为是无菌手术，一般不需要抗生素预防感染，预防肌腱粘连，3到4周一般恢复正常。
腱鞘囊肿手术一般2个星期左右能恢复。
腱鞘囊肿通常出现在手上，在肢体的末梢，例如手腕，手指，脚背，通常需要两个星期的时间，之后三天换一次，两周拆线，拆线之后一星期内要注意不能接触到水和沐浴，这时候可以进行适度的屈伸运动，但要注意不要做过于频繁的屈伸关节，以免出现肌鞘囊肿。恢复期间，患者应避免提拿重物，以免影响手术治疗的效果，导致恢复时间延长。
腱鞘囊肿一般受压后不会消失。
但部分薄壁囊肿受压后可能破裂，暴露后囊肿变小，可能导致囊肿外观消失。如果按压后腱鞘囊肿消失，一般认为是腱鞘囊肿破裂，但这种情况下，腱鞘囊肿容易再次复发。一般来说，腱鞘囊肿推荐手术治疗，彻底切除囊肿更好。但需要注意的是如果患者病情较重，为顽固性的腱鞘囊肿，则不能采取揉按的方式治愈。如果揉按不当或用力挤破还有可能会对其他正常组织造成损伤，甚至增加感染风险。
肌腱鞘囊肿术后，在工作中要注意用手的动作，术后3-4个星期以后，可以用手指进行活动。
腱鞘囊肿保守疗法无效，建议做外科手术，术后2个多月即可完全康复，术后要注意伤口的清洁和干燥，注意换药，不要接触到水分，以免引起细菌的化脓感染，治疗期间患者要注意保证充足的睡眠时间，养成良好的生活习惯，同时要定期前往医院进行复查，有助于病情的恢复。