排除脑膜炎，脑炎，须与病人病史相结合，对应体格检查和对应辅助检查才可排除。
对于脑实质疾病，尤其是在婴幼儿时期发病的患儿，就需要特别注意。普通脑膜脑炎病人可有发烧，头痛，恶心等症状、呕吐和癫痫。在诊断上需要根据临床特征来判断是否为脑膜炎或是脑炎。若病人不出现上述症状，并经过相关辅助检查。
例如说，进行头颅磁共振平扫+强化颅内，同样无病变，或腰椎穿刺脑脊液检查，脑脊液检查显示压力正常，脑脊液内细胞数量较多、蛋白数及糖，氯化物含量均正常，也有相应病毒抗体存在，自身免疫性抗体或存在结核杆菌感染所引起的此类抗体均属正常。通常情况下，脑膜炎和脑炎均可排除。
脑膜炎和脑炎哪个严重必须根据病人具体情况而定。
脑膜炎多为多种原因引起的病人脑膜的炎性反应，则病人常可表现为头痛，颈项强直等症状，查体克氏征呈阳性，有些病人也可发生恶心和呕吐。此外还会出现意识模糊，甚至昏迷等情况，这都是急性脑炎最基本的表现。脑炎以多种病变受累为主，脑实质受累，病人可有高级认知功能异常，例如，发生反应迟钝的情况，认知功能异常而发生癫痫发作、肢体活动障碍及其他状况，但通常以脑膜脑炎为多。另外还有一种类型就是感染引起的急性脑炎，也叫做细菌性颅内出血或者化脓性蛛网膜下腔积液等，这都属于感染性疾病。通常情况下，病人一旦发生脑炎，常易并发脑膜炎，通常单纯脑炎及单纯脑膜炎仍较少见，多数病人仍可并发脑膜脑炎。另外还有一种类型就是混合感染引起的脑膜炎，这是因为很多细菌都能进入到人体当中，所以就需要对这些致病菌进行分离培养以及药敏实验来判断是否患有脑膜炎或者脑炎。然后对于不同病原体，其临床治疗方案也有所不同。对于脑膜脑炎来说，最重要的就是要明确诊断，因为一旦确诊就需要进行相应的处理。脑膜炎与脑炎孰重孰轻，还要根据病人具体病情，若病人脑炎症状并不严重，但广泛脑膜受累炎症发生粘连，这类病人脑膜炎可能表现得更严重一点。
脑炎与脑膜炎不能判断哪一种更严重。
从进展上看，2种病情发展的症状均可较严重。脑炎出现了发热、头痛、呕吐，并且伴有抽搐，而脑膜炎则不存在这些症状。根据化验结果，脑炎的后果与脑膜炎不一样。这是因为病毒感染引起了脑组织损伤，导致血液中出现了大量病毒，所以就造成了颅内感染。脑炎患者血象通常正常，但是脑膜炎呈增高趋势。因此，对病人进行全面的检查和治疗非常重要。脑炎时进行病毒分离和其他检验，可发现病人致病之病毒，脑但膜炎并不存在。脑炎病人的血清抗体阳性率较高，而脑膜炎病人则很少见到抗体阳性结果。提取脑积液进行检查时脑炎澄清，但是脑膜炎的外表是浑浊的。脑炎和脑膜炎都属于病毒性传染病。尽管通常很多人易把脑炎与脑膜炎这两种病混为一谈，但是两种病完全不同。因此两者有很大区别。脑炎与脑膜炎发生的部位亦不相同，脑炎多表现为脑实质损害以后所发生的一系列疾病，脑膜炎多表现为脑膜部位炎症变化。发病病因亦不相同，脑炎的病因多为病毒感染，脑膜炎不以细菌感染引起脑膜部位感染为主，而脑膜炎常因化脓性细菌感染引起。
宝宝脑炎脑膜炎的症状有发热，头疼，呕吐，嗜睡，烦躁不安，严重的可以出现惊厥昏迷。但在新生儿，婴幼儿临床表现不典型。表现为性情改变，易哭闹，嗜睡，呕吐，双眼凝视，尖叫，惊厥，前囟饱满紧张，颈部强直。有的小儿头痛，不能用语言表达，会挠头，会用手拍打头部。
脑炎的症状有高热、头痛、呕吐、昏迷、惊厥等，脑膜炎的症状有发热、头痛、呕吐、食欲减退、精神差等。
脑炎是指脑实质受病原体侵袭导致的炎症性病变，绝大数的病因是微小病毒、乳头多瘤空泡病毒、腺病毒、疱疹病毒、水痘-带状疱疹病毒等病毒，也可由细菌、霉菌、螺旋体、立克次氏体、寄生虫等感染引起，临床上以高热、头痛、呕吐、昏迷、惊厥等症状为其特征。
脑膜炎是指软脑膜的弥漫性炎症性改变，由细菌、病毒、真菌、螺旋体、原虫、立克次体、肿瘤与白血病等各种生物性致病因子侵犯软脑膜和脊髓膜引起，可能会出现发热、头痛、呕吐、食欲减退、精神差等症状。
