首先还得找出病变发生的原因，在临床中有一类就是进展性卒中，因此如果只使用一种抗血小板药而不起作用的话，那么就可以在短时间内将这两种抗板药物或抗凝治疗结合起来。
若为栓塞性原因所致，也应进行抗凝治疗，看是否抗凝各项指标均不合格。此外除此药物治疗外，还控制了其他危险因素，血压，血糖和血脂。与此同时，应该在临床中是否会有大面积脑梗死导致这种脑疝，而脑疝是神经科脑血栓形成最险恶的表现。
因此仍应从病因去找，对症治疗。此外对危险因素进行控制的同时，还应进行相关营养补充，其中不乏预防感染等措施。
抽搐是脑血栓形成后引起的继发性癫痫的临床症状，脑梗塞后遗症可以长期使用（但要注意出血），如果有脑梗塞后癫痫可以给予抗癫痫药物，建议平时要积极控制引发脑梗塞的危险饮食如高血压，糖尿病，高脂血症，高同行半胱氨酸，抽烟，饮酒，少动，血液黏稠等。
房颤引起脑血栓可以通过一般治疗、药物治疗等方式进行治疗。
房颤导致脑血栓形成，说明通常为血栓是由于左心耳脱落所致，若为脑血栓急性形成期，可考虑溶栓治疗，及抗凝治疗，只要及时处理，并辅之以增强脑神经功能药物，恢复情况总体较为理想。对于已经发生或可能会产生大范围栓子沉积在左心耳处，需要手术切除病灶的病例，建议首选外科手术方式，避免再一次栓塞性并发症的发生。如有脑血栓形成，应警惕房颤患者左心耳又有血栓可能，此时应长期口服抗凝药治疗，以防止心耳内血栓，可选华法林、达比加群等，口服药，如利伐沙班，防止血栓形成。另外还需要注意避免服用阿司匹林，因为它容易诱发脑出血和脑梗死。
如果是急性发作，血栓形成在六小时之内，可通过口服溶栓类药物进行治疗。超过六小时在24小时之内，可以做介入治疗。如果不是很严重，只是有口眼歪斜，一侧肢体活动受限或者一侧肢体麻木等轻微的脑血栓症状，可以针灸治疗。
这可能是由于脑血栓造成的视野缺损或脑梗塞引起的视力恶化。如果处于急性期，考虑及时应用抗血小板和抗凝血药物进行积极治疗。如果有明显的高血压和糖尿病问题，考虑及时控制。使用药物来滋养神经以改善循环。