脑干损伤会导致交叉性瘫痪，这是因为人体的大脑对身体的控制是相对的，也就是对面的身体要将信号传递到对面的大脑，或者对面的大脑将信息传递到对面的身体。这个讯号的传递，必须要在脑干内完成，才能进行不同的讯息传输。这种生理结构决定了当颅内损伤到脑干时，会导致信号传导障碍，从而导致交叉瘫痪，也就是病灶对侧的外周性脑神经麻痹和对侧的中枢性偏瘫。
脑干是受人体其他脑组织保护的，所以很少会出现原发性损伤。脑干受损的病人，多数是由于外伤撞击所导致的，死亡率极高，一旦出现脑干受损病人，应立刻接受治疗。所有脑干损伤的病人都应立即做全身性检查，并且要时刻关注病人的各种体征变化，还要预防和有效的处理合并症出现。对于脑干损伤的病人，最佳治疗时间就是越早越好。
脑干的功能主要是调节呼吸和心率等重要的神经中枢，如果受损，必须靠呼吸机维持，相当于植物人，植物人是一种只能依靠医疗设备，维持生命的昏迷患者，如果脑干受损所导致的昏迷，醒来的几率几乎很小。
在车祸中脑干严重受损30天昏迷未醒康复的机会有一半几率。要看年龄和具体的身体情况了。关键的是苏醒后，由于脑部受损失，会带来很多问题，最关键的注意获得性感染，因为昏迷的脑部病人一般估计都动过手术带过呼吸机，一旦带了呼吸机极度容易感染病菌，需要提早预防。
原发性脑于损伤在颅脑损伤中占有较大的比重，通常指暴力作用于枕部引起脑干为主的损伤，并于伤后立即发生持续时间较长的意识丧失或死亡。暴力作用于头部造成的原发性脑干损伤约占颅脑损伤的2%~5%，在重型颅脑损伤中占10%--20%。脑干内除了颅神经核。
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