通常情况下，脑干梗死可以通过手术治疗、理疗、使用药物等方式进行治疗。
脑干梗死病人会有眩晕、身体失衡、吞咽困难、喝水呛咳嗽等症状。若有吞咽障碍、饮水呛到，短时间内无法康复，则需将胃管切开，并保持胃管内营养，给予鼻内喂食，待病情平稳后，再进行平衡训练和针灸。病情较重的时候会表现为肢体瘫痪、肢体瘫痪等症状，大部分病人还会伴有颅内压力升高和脑积水，可以采用醒脑静、醒脑、甘露醇、甘油果等药物进行醒脑。
一般情况下，基底动脉闭塞脑干梗死，通常是大范围的脑干梗死。这种情况比较严重，可能会有肢体瘫痪、精神障碍等情况，会导致呼吸、血压、心跳、血氧饱和度降低。需要进行心脏监测，如果病人有不稳定的情况，可以使用呼吸机。在出现严重的精神症状时，可以给予醒脑宁、安宫牛黄丸、复方麝香等药物。
在病情平稳后尽快进行康复训练，主要有吞咽、四肢功能、针刺等。平时多注意低脂低盐清淡饮食，促进血液循环、末梢神经功能恢复。
观察枕三经针刺治疗小脑脑干梗死所致眩晕的临床疗效。方法：将80例病人随机分为2组各40例，2组均按指南常规治疗，对照组在此基础上加用常规针刺治疗，治疗组在指南常规治疗的基础上加用枕三经针刺治疗。
一般来说，脑干损伤可通过药物治疗、日常调理的方式进行处理，具体分析如下：
针对出血引起的脑干损伤，建议通过手术的方式进行治疗；也可以用甘露醇进行脱水治疗，缓解症状；针对外伤或炎症引起的脑干损伤，可以在医生的指导下应用单唾液酸四己糖，神经节苷脂等药物，配合抗生素，糖皮质激素进行治疗。在日常生活中，患者要注意饮食健康，戒烟戒酒，以清淡和易消化的食物为主，忌辛辣刺激的食物，多吃新鲜的水果和蔬菜，少食多餐，不要暴饮暴食，保持心情舒畅，适当运动，比如慢跑、游泳等，有利于身体健康。
对于脑干脑炎的患者，要先确定病因，其次要找到病因，比如病毒脑炎，霉菌性脑炎，细菌性脑炎，寄生虫性脑炎，免疫系统脑炎等。
要做好颅内核磁共振和脑脊液的病理检查和细胞学检测，明确病因，采取降颅压、抗感染、激素、免疫抑制剂等药物进行治疗，对于脑干脑炎要进行及时的处理，以免导致呼吸、心脏停止、各种并发症的发生。
