早上醒来肚子隐隐作痛，可能与这些因素有关系：
1.夜间睡觉受凉,风寒侵袭人体会导致腹部疼痛。
2.考虑存在胃肠功能紊乱,肠道菌群失调出现胃肠蠕动加快。
3.不排除尿路感染的可能，对于女性患者，不排除妇科炎症所致的表现。议建患者到医院就诊，在医生指导下进行全面的体格检查。
在生活当中也应当注意，不要过度的情绪激动，不要吃热性的食物，多吃蔬菜水果。
肚子每天早上隐隐作痛的原因较多，需根据具体情况进行判断，具体如下：
肚子每天早上隐隐作痛可能是十二指肠溃疡、慢性肠胃炎、胃溃疡以及慢性结肠炎等疾病导致，建议患者出现这一症状时，及时就医，查明病因后对症治疗，以免耽误病情。
在治疗期间，患者要注意休息，避免过度劳累，以清淡、易消化的饮食为主，注意营养丰富均衡。
如腹部每天早晨起来都隐隐作痛，通常是一些慢性炎症。在消化系统最常见的疾病是慢性肠炎、慢性结肠炎、肠黏膜溃疡和慢性肠息肉，都会出现腹部每天早晨隐隐作痛的症状；从普外科角度来讲，通常会有慢性感染性腹膜炎和慢性阑尾炎发生时，腹部每天早晨都会隐隐作痛；最后如女性会出现以上症状的疾病，有慢性盆腔炎、慢性附件炎、卵巢囊肿等情况，也会出现这些表现。
女性在月经期间会有小腹部的疼痛，这是因为炎症刺激或者是受凉引起的，一般会伴有分泌物的异常，如有小腹部的坠胀、腰酸等，可能是阴道炎、盆腔炎、附件炎、宫颈炎。女性的外阴不洁、性生活不检点等都是有可能的。如果没有其它相关的表现，要多休息，加强腹部的保暖，多饮水，加强新陈代谢，并密切观察。如果症状持续2-3天还没有好转，建议到妇产科做B超检查。
通常情况下，早上起床时肝隐隐作痛，可能是肝炎造成的。
如果患者在出现早上起床时肝隐隐作痛的症状的同时，还伴有疲倦乏力、食欲不振、小便颜色加深等症状，可能是肝炎导致的。如果患者出现上腹轻度不适，寒战发热等症状，早上起床时肝隐隐作痛也可能肝结石导致的。
建议患者及时前往医院进行检查，明确病因后对症处理。注意不要盲目用药，应遵医嘱用药。以免影响身体健康，不利于身体恢复。
疼痛程度可以分为两种，一种是轻微的疼痛，或者是轻微的疼痛。如果疼痛比较严重，可以去医院检查一下，看看是否是宫内孕。
怀孕初期会有腹痛的症状，如果疼痛轻微，一般正常。如果疼痛严重，并且是宫内孕，可能会有先兆流产，也就是不可避免的流产。先兆流产要做好保胎、休息等方面的准备。如果是无法避免的流产，导致大量的出血，应该尽早进行清宫。否则会导致大出血、休克，导致下一次怀孕。怀孕初期出现下腹部疼痛的症状，要根据宫内的情况和外宫的情况来判断。
如果是宫外孕，那就非常的危险了。因此，孕妇在怀孕初期出现肚子疼、腹痛一定要及时就医。宫外是很危险的，在宫内要明确是否可以保胎，是否可以避免的不可避免的流产。
