多发生于皮疹2-4天，表现为头痛，呕吐，精神差，嗜睡，易激动，谵妄，甚至昏迷；四肢抽搐、肌阵挛、痉挛；中央麻痹或急性松弛麻痹。
检查时发现有脑膜刺激征象，肌腱反射减弱或消失，病理特征如巴氏征象。
出现头痛、脉搏缓慢、血压升高、前突隆起、呼吸节律不规则或停止、球结膜水肿、瞳孔大小不等、对光反射减弱或消失。
小儿脑炎初期主要表现为发烧、恶心、呕吐、拉肚子、食欲不振、啼哭等。
小儿脑炎，因小儿年龄尚轻，不能充分的表现自身的不舒服，有延误病情，治疗或诊断不及时。小儿脑炎要密切关注孩子的精神状态，一旦出现不正常要马上到正规的医疗机构进行检查。通过对儿童的临床表现和体征进行相应的辅助检测，及早发现和处理，以防止儿童的神经后遗症。
脑炎最主要的早期症状是发热，老百姓都知道烧出来脑炎了，其实不是这样的，热是脑炎最早期的症状，尤其是顽固性的高热，进一步是高热伴随了脑功能的异常，如抽风、癫痫急性发作或者昏迷、颅内压增高、前囟鼓的比较高。
儿童脑炎在症状表现上有全身毒血症状，表现为发热、头痛、恶心、呕吐、乏力，少数有出血疹以及心肌炎的表现。再就是神经系统症状，出现意识障碍、脑膜刺激征，可以出现颈肌、肩胛肌迟缓性的瘫痪，以致头下垂、手臂不能够上举，一般在瘫痪两到三周能够恢复，约半数有肌肉萎缩，轻的可能没有明显的神经症状。
病变部位及患病程度轻重不一，所以表现也是多种多样的。弥漫型脑炎，首先出现的是全身不适症状，很快就会出现昏迷，同时伴有高热，脑干脑炎，经常会出现面神经瘫痪，肢体麻木无力。