一般来说，跑步肚子右边会痛主要是以下原因引起的。
跑步时，通常腹腔内脏器也会对环境做出相应的反应，从而有可能会出现跑步肚子右边会痛的情况，这种疼痛的症状通常会随着跑步的结束而有所缓解，无需过度担心。如果疼痛的症状仍旧持续存在，患者需要及时到医院检查，警惕是出现阑尾炎、胆囊炎等疾病。根据医生的指导展开相应的治疗。
肚子右边会痛首先要考虑的是急性胃肠炎，胃肠功能紊乱，肠痉挛。
如果右下腹麦氏点处有压痛，反跳痛，要高度重视，考虑是急性阑尾炎。如果是右上腹部的疼痛，可能是因为肝胆、胰腺等原因引起的，如急性胆囊炎、急性胰腺炎等疾病。也有可能是因为输尿管下段结石或者妇科问题，比如痛经，卵巢囊肿，宫外孕出血等。患者可以到医院做检查后再做治疗。
对于那些刚刚开始跑步的人来说，膝盖上的疼痛是非常常见的，这种疼痛一般都是由下列原因引起的：
1、因突然增大或不当的动作而引起的髌骨或与髌骨相反的股关节面的软骨损害，通常称为髌骨软化。这样的伤害可以在跑步的时候增加，也可以在休息的时候突然增加跑步的次数，也可以在休息的时候感觉到疼痛。
2、膝关节内部结构的损伤，主要有膝关节内部的半月板和韧带的损伤，这些都是因为不合适的运动造成的。
3、患有膝关节病变的患者，如膝关节内的滑膜炎、骨膜囊肿等，在跑步过程中受到刺激，会出现疼痛加剧。
因此，跑步的时候，因为长期的负重，会加重膝盖的负担，这就是造成上述这些病症的原因。
一般情况下，跑步腰会痛可能是腰部肌肉扭伤、呼吸相关肌肉痉挛、骨质疏松、腰椎退行性相关病变等因素有关，具体情况分析如下：
1、腰部肌肉扭伤。在跑步的时候，腰部的肌肉需要协调，因为跑步的时候会扭伤腰部的肌肉，导致腰部疼痛。
2、呼吸相关肌肉痉挛。也就是因为跑得太猛，突然呼吸加速，腰部肌肉突然痉挛，导致腰痛；
3、可能是骨质疏松引起的。严重的骨质疏松症患者如果进行剧烈运动，可能导致腰部、下肢等部位疼痛；
4、可能是跑步诱发了腰椎退行性相关病变，比如腰椎间盘突出患者在发病过程中跑步会加重腰痛。
睾丸没有疼痛。如果有一些疼痛，主要考虑的是仍然有一些异常疾病导致的发生。首先，需要进行彩色多普勒超声检查。与此同时，应该尽量不要用力触摸。同时，不应该在饮食中吃任何酸或辣的东西。应该试着用一些抗菌药物来调节，渐渐地会好起来的。
跑步时出现右侧腹痛的原因，可能是剧烈运动，腹腔内脏器运动不协调，容易出现梗阻，如肠套叠，回肠末端套入盲肠，表现为右侧下腹部疼痛、腹肌紧张、压痛反跳痛。可通过腹部CT检查明确诊断，一般需要手术治疗。还可能是右侧卵巢，输卵管疾病，是由于剧烈运动引起附件扭转，导致疼痛。不排除岔气的影响，建议及时就医明确病因，对症进行治疗。