新生儿拉肚子可以通过一般治疗、药物治疗等方式进行治疗。
新生儿拉肚子是以新生儿大便次数增多和大便性状改变为特点的一组临床综合征。常由喂养不当、消化系统不成熟等因素导致，家长可以遵医嘱给孩子使用蒙脱石散、妈咪爱、乳杆菌等药物进行治疗，还要注意保暖，对于腹泻严重引起脱水者可以服用补液盐或者静脉补充电解质。建议家长及时带孩子前往医院查明病因后对症治疗，以免延误病情，影响孩子身体健康。
母乳喂养的宝宝每天大便5-10次，大便粘稠，但是不能喝水。因此，要判断宝宝有没有拉肚子，要看一段时间的大便有没有增多，或者大便的性质有没有变化。大便的特征是湿多或者是粘液浓血便。新生儿腹泻与平时的饮食习惯有很大的关系。
1.哺乳的宝宝，对妈妈乳头的清洁和清洁非常重要，有些父母可以用毛巾来清洗，但要注意毛巾的清洁程度，毛巾要保持不干燥，否则很容易滋生细菌和霉菌，如果用沾染或者被污染的湿毛巾擦拭乳头，会增加感染的几率；
2.奶瓶在煮沸之后，不要用手去碰触奶瓶，以免奶瓶被污染，引起宝宝腹泻。
新生儿拉肚子分感染性和非感染性两种情况，因为新生儿的肠道粘膜屏障功能差，进食不规律或者在受凉的情况下，很容易有腹泻的表现。新生儿拉肚子会出现腹泻次数增多,次数比原来要多,大便的性状会稀,大便中会有奶瓣、黏液、血丝等。
建议取新鲜大便做常规检查，如果是感染性因素，需要用敏感的抗生素治疗，如果消化不良，服用助消化药物，注意腹部保暖。
一般情况下，新生儿拉肚子可以通过药物治疗、生活护理来改善，具体内容如下：
首先要明确引起婴幼儿腹泻的病因，包括生理性腹泻、感染性腹泻和不感染性腹泻三大类。母乳哺育的宝宝一天的大便次数多在7-8次，或者10次左右，宝宝的排便量很少，只要宝宝精神好，吃奶好，体重增加也是可以的。如果孩子出现拉稀，要做好排便检查，如果是不良性的，可以通过饮食调节、调节肠道菌群类药物、肠粘膜保护剂、补液等药物进行对症处理。感染性痢疾、肠炎等是以肠炎、痢疾为主要特征的。过敏性痢疾要给予宝宝特别的喂养。
一般来说，新生儿拉肚子吃蒙脱石混悬液、布拉氏酵母菌散等药物好得快。
新生儿拉肚子多数是由于胃肠道功能性的消化不良、受凉引起的肠道痉挛导致的，吃蒙脱石混悬液、布拉氏酵母菌散等药物会好得快。如果新生儿出现皮肤弹性差、脱水症状，还需要及时去医院静脉补充电解质。新生儿体质脆弱，至少需要用药7到10天才能够恢复。
一般情况下，宝宝年龄较小，胃肠功能较弱，呼吸道感染后，胃肠道症状发生几率很高，尤其病毒感染后腹泻的几率很高，所以容易出现拉肚子的情况。可以使用抗病毒药进行治疗，如阿昔洛韦，也可以使用抗生素类药物，如莫匹罗星；同时还要使用止泻剂类药物，如呋塞米等。同时，家长还应该给宝宝保暖，并适量给其喝热水，有利于促进身体恢复。