通常来说，粪菌移植有许多不良反应，具体分析如下：
根据最近的副作用，粪菌移植是比较安全的，一般患者会出现一过性发热、腹痛、腹泻等症状，不过这种症状在24小时内就会消失，不需要特殊的医疗手段。但从长期和长期的不良反应来看，粪菌移植是近五年才出现的一种新技术，目前还没有相关的长期研究资料，尤其是十年以上的不良反应。
粪菌移植相对比较安全，做完之后有可能会出现一过性发热、腹痛、腹泻等，但是这些症状通常在24小时之内可以自行缓解。粪菌移植是从健康人的粪便中提取功能性菌群，然后移植到肠道内，通过重建新的肠道菌群，从而达到肠内外疾病治疗的目的。
在人类的肠子里，有超过一千亿种的微生物，经过漫长的岁月，这种微生物与人类的关系，就是所谓的“肠道菌群”。肠道微生物与人类密不可分，在机体内具有重要的生理作用，如新陈代谢、营养吸收、抑癌症、胃肠道免疫屏障等。肠道菌群是一个非常关键的组织，是一个非常关键的组织，它是一个动态的平衡，由益生菌、中性菌、条件致病菌组成，如果不能保持一个均衡，就会引起肠内的各种病变，而粪便菌的移植则是一种非常有效、快速的肠道菌群重建的方法。因此对于某些与肠道菌群失调有关的病症，可以用粪便进行移植。
如果患者出现相关疾病，建议患者及时前往医院就诊治疗，有助于改善症状。
通常来说，做完粪菌移植后1-2周能见效。
粪菌移植是指将健康人粪便中的功能菌群，移植到患者胃肠道内，重建新的肠道菌群，实现肠道及肠道外疾病的治疗，对于难治性肠道感染、难治性炎症性肠病、癫痫病、肝病、肿瘤合并的肠道疾病、糖尿病合并的神经病变以及自闭症合并的过敏症等，具有比较好的治疗效果，通常来说，做完粪菌移植后1-2周能见效。
不存在“粪菌移植哪一种移植途径效果更好“的说法。
内镜途径能全结肠的给药但存在穿孔、出血、感染等风险；灌肠方式花费较低，但只能够到直肠或直胰交界位置，效果不能达到最佳；口服胶囊径通常不会引起强烈不适，也不存咋操作风险，但难以保证粪菌胶囊里面的粪菌的有效性以及稳定性。因此，不存在“粪菌移植哪一种移植途径效果更好“的说法，建议患者结合自身实际情况，在医生的指导下选择适合的方式进行移植。