肚脐眼里有脏东西而且很臭一般是没注意清洗，细菌堆积导致的。具体情况分析如下：
肚脐是人体腹壁的一处低洼地带，而灰尘、皮屑、衣服的纤维、细菌、汗液等都会积聚在肚脐眼。再加上一般人不会每天清洗肚脐，时间一长，肚脐里的杂质就会堆积起来，再加上衣服遮盖，阴暗潮湿，通风不好，细菌就会繁殖，堆积在一起，发生化学反应，产生臭味。
肚脐眼底疼痛多考虑脐茸和肚脐感染的可能性：
第1个部位为脐带，是由于脐尿管蛋黄囊先天未封闭所致，局部皮肤内翻，若有感染，则会出现脐带痛及不舒服的症状。有渗出的血液或者是从包块处流出的脓水。经常要做外科手术。
第2个要点是：脐部的炎症。若有肚脐深度，肥胖病人，病菌会通过逆向传染至肚脐，在局部蓄积，造成局部皮肤及皮下炎症，经常会有突起性的疼痛感。
不要太在意，需要清理时最好是在洗澡的时候，用蘸有沐浴液的毛巾，轻轻擦拭几下，点到为止，也可以用棉签在周边慢慢清理一下，不需要清理的太干净，有的宝宝会自己用手去抠肚脐眼，一定要注意，避免宝宝把肚脐眼扣破，引发炎症。
肚脐眼里面的脏东西，有可能是由以下几种物质而形成的：
1、肚脐眼里面皮肤的角质层脱落之后，集聚在肚脐眼里面；
2、也有可能是平时穿戴衣物的衣物纤维或者衣物的毛碎、棉碎在皮肤角质层里面混合而形成；
3、人正常新陈代谢脱落的角质细胞与汗液、尘埃混合而成的，由于肚脐眼是一个褶皱，也就是一个可以藏东西的地方，所以就会脏。
可能是因为肚脐眼处的小肠梗阻，可造成肠管痉挛性疼痛。会伴有恶心、呕吐、腹胀，肛门停止排便、排气等表现，此时可完善腹部CT或X线检查，明确肠梗阻的病变性质，给予低压灌肠。
一般情况下，肚脐内的污物可以清除，但是要保持清洁的方法，以免受寒导致腹部疼痛。如果是浅色的，那就是扁平，可以在洗澡的过程中用沐浴液、香皂等清洁，如果是在肚子深处，很可能会积聚一些脏物，可以用棉花蘸上沐浴露或香皂，避免故意翻转到肚子上。如果在清理时使得腹部受寒，出现了拉肚子的情况，建议患者在医生的指导下使用法莫替丁散、雷贝拉唑钠肠溶片等药物进行治疗，有利于身体健康。