治疗亚急性甲状腺炎主要通过药物治疗，治疗发热、颈部疼痛等症状。体温高于38.5℃时可进行退热处理，如颈部疼痛、耳颞部疼痛等，可加用非甾体类抗炎药进行止痛治疗，但如果单纯使用非甾体类抗炎药无法控制病情时，排除激素使用的禁忌症，可适当加用激素药物的治疗，具体用药需要在医生的指导下进行，不可盲目用药，容易引发不良反应。
亚急性甲状腺炎等，一般数周或数月后减轻，病程6-12个月，反复发作者甚为罕见。
一旦出现了慢性化过程，则会对患者带来很大的危害，严重时还可导致死亡。如亚急性甲状腺炎反复发作，有可能是糖皮质激素减量过快，停药过早，此症若症状较轻微，可应用非甾体类消炎止疼药，疼痛症状好转即可，如仍伴发热，血沉升高十分明显，可再应用糖皮质激素，以改善症状。对于亚急性甲状腺结节或囊肿者，一般不建议进行治疗。待血沉恢复正常后，再逐步减量，总疗程必须超过6-8周，如停药太快，太早，极易又导致亚急性甲状腺炎的复发。因此对于已经发生了亚急性甲状腺炎的患者，应该尽早进行治疗和护理，避免造成不必要的损失。亚急性甲状腺炎为病毒感染变态反应性炎症，发病前，许多病人都有上呼吸道感染病史。
亚急性甲状腺炎治疗方法应结合患者的具体情况而定，并且患者病情存在个体化的状况，并非所有病人所呈现之症状均一致。
要选择合适的药物来进行辅助治疗，这样才能更好地提高疗效，减少不良反应的发生几率。许多病人就是反应不一样，例如，有些病人颈部疼痛非常明显，部分病人颈部疼痛较轻，但当颈部疼痛显著时或较轻颈部疼痛时均需优先选用非甾体抗炎药进行止疼、消炎治疗，只有当非甾体类抗炎药不能控制病人颈部疼痛的情况时，才能考虑适当增加激素治疗。
一般情况下，亚急性甲状腺炎可以通过日常护理、使用药物等方式进行治疗，具体内容如下：
亚急性甲亢是一种自限性的病症，哈尊和平时注意保暖，避免感冒。少数病人出现了明显的临床表现、炎症面积比较大，如果出现了明显的症状，可以通过一些药物来进行治疗，以防止出现长期炎症。可以口服阿司匹林、布洛芬、吲哚美辛等非甾体抗炎药物。如果疼痛剧烈、高热不能减轻，或炎症范围扩大，可以服用糖皮质激素，建议患者在医生的指导下使用药物进行治疗，以免对身体造成不良影响。
亚急性甲状腺炎不严重。亚急性甲状腺炎简称亚甲炎，是内分泌科的一个常见病多发病，一般多见于病毒感染以后患者出现颈部的疼痛，可以放射至同侧的耳部。极个别严重的患者可以出现发热，一般体温不超过39.0摄氏度，可以伴有周身乏力、酸痛。
亚急性甲状腺炎的治疗方法主要是对症治疗。
急性甲状腺炎是一种自身局限性疾病，主要表现为发热、甲状腺痛，经过一定的病程病情逐渐自行缓解。患者需要充分休息，如甲状腺痛明显可给予非甾体抗炎药止痛。如果发热体温在38以上，可以给予退烧药。发热、甲状腺痛症状严重，患者无法耐受，可接受糖皮质激素治疗。使用糖皮质激素可以迅速缓解症状，减轻亚甲蓝症状。但糖皮质激素有一定的不良反应，激素在早期停药后病情反复，必须谨慎使用糖皮质激素。