骶管囊肿手术是一种比较简单的手术，具体内容如下：
第一型是没有脊髓神经的囊肿，表现不典型，可以采取非常规的保守疗法；而第二型囊肿，其囊壁与神经纤维间有一定的联系，因而手术中存在一定的危险性，且有可能造成神经纤维受损，造成严重后果。由于现代显微镜技术的发展，可以将囊内的神经与纤维进行精细的解剖，并对其进行电学检查，从而使手术的危险性大为降低，从而使病人的生活品质得到改善。
骶管囊肿手术风险有两个，一个是神经的损伤，一个是漏口的闭合不全，导致复发。手术就直接将水放掉了，囊壁它本身不分泌囊液，漏口修补不严密，囊肿会复发，第二就是神经的保护，因为很多骶管囊肿都会裹神经，这些神经与囊肿在一起，做手术时就要保护好这些神经，将这些神经有的回纳到椎管内，要将这个神经从囊肿上面分开来，有的和神经，囊肿它是一部分，将这些神经给保护起来，要保护好神经，又要神经根部的囊肿的开口给封起来。
骶管是一个锥形的管道，如果囊肿位于骶1水平，可能2cm的囊肿也不一定会产生神经根压迫症状，也不需要手术治疗。如果囊肿位于骶3~4水平，可能仅有1cm甚至更小的囊肿，也会产生明显的神经压迫症状，而需要手术治疗。
骶管囊肿对于处理经验丰富的神经外科医生而言，是比较安全的常规手术，但如果处理不当，也是有一定手术风险的。例如，部分在术后症状缓解不满意，或缓解时间不长后囊肿又复发，甚至有症状加重，在术后出现双下肢无力、疼痛、麻木，大小便功能障碍和性功能障碍等。所幸在显微神经外科手术和术中电生理监测的治疗条件下，这些手术风险已经明显降低，手术还是相当安全的。
骶管囊肿的位置是在两个屁股之间部位的骶骨内长了囊肿，对马尾神经进行压迫出血，下肢大小便不利的症状。骶管囊肿是骶管内比较常见的一类疾病，常见位置是在骶1至骶3的水平，尤其以骶1、骶2水平常见，偶尔是骶2、骶3水平。
一般来说，骶管囊肿手术过程较为复杂，具体如下：
通常情况下，骶管囊肿手术需进行全身麻醉。一般会在骶后正中开口，打开骶管后对囊肿进行切除，随后再对局部肌肉进行填塞，最后缝合。骶管囊肿手术油腻需在显微镜下进行操作，以防止手术伤到患者神经。
在进行手术后，患者应多卧床休息，多翻身，防止褥疮，注意饮食清淡，保证营养充足。