原因有很多。比如：遗传原因：在不同的家族里已发现有许多类型脑炎后遗症；颅脑损伤：颅脑损伤可以导致脑炎后遗症发作，如果颅脑损伤较严重，发作可能在近几年就会发生。
血管扩张。血管扩张主要是颅外动脉扩张，是导致脑炎后遗症的一个主要的病理因素，主要是由于脑炎患者生活中经常服用一些扩血管药物，导致血管扩张，血液流动加快，引起脑炎后遗症的发作。
发病原因是原受累神经得不到良好的血供应。病毒和炎症再度损伤神经而继发的变性病变早期，现病的治疗比原发性神经损伤治疗难度更大，延误治疗有可能导致不完全性截瘫。所以及早治疗比较好。
遗传原因：在不同的家族里已发现有许多类型脑炎后遗症并且有些家族被检测出某一特殊基因异常。这些基因异常可导致人体内钙、钾、钠以及其他化学物质代谢细微的改变。
炎后遗症是指脑炎在经过急性期的积极治疗后，一些仍留有不同程度的肢体运动障碍、智力障碍、失语、眼球麻痹、吞咽困难等后遗症，采用多种及时有效的康复手段可以改善后遗症。脑炎在经过急性期的积极治疗后，留下不同程度的功能障碍。病毒性脑炎后遗症主要表现有：①失语、语言迟钝、瘫痪、吞咽困难、视神经萎缩、耳聋、癫痫等神经系统损害；②痴呆、记忆力及理解减退、智力低下、表情淡漠、眼神呆滞。
脑底脉管炎致管腔阻塞。引起相应部位脑缺血和梗死；脑积水：由于脑膜粘连，脑脊液循环障碍所致；颅神经受损麻痹：如耳聋、视力障碍、斜视、面神经瘫痪等。有手引起脑膜炎后遗症的原因。