目前治疗脑梗后遗症最好的方法是脑通疏络宁栓疗法。是第一个提出多维治疗、立体治疗的脑血栓、脑梗塞、脑供血不足治疗体系。在治疗过程中及时根据患者具体康复情况调整治疗进程。
早期可能有一些辨证用药、针灸、艾灸等治疗。出血性患者处理的方法早期会减轻脑水肿、止血、营养脑细胞，要控制相关的基础病，比如血压、血糖等，维持电解质的平衡等。在急性期过后，到恢复期可能会出现一些西医康复治疗。
科学的运动功能训练：包括肢体的被动运动、主动运动和抗阻运动，以及“作为康复治疗法”等。这套现代康复医学运动功能训练方法，应当在康复技师的指导下，根据不同病情采用不同方法进行。
可以药物治疗。也可以通过饮食的方式进行调节，从源头上解决脑梗死后遗症带来的影响。保持健康的饮食习惯，调节饮食的结构，建立良好饮食健康规划，也是防止脑梗死后遗症的并发症的重要方法。
脑梗死之后常见后遗症主要有吞咽障碍，言语障碍，肢体功能障碍，大小便控制障碍及认知障碍等。针对吞咽障碍可以运用冰刺激，低频脉冲电治疗，针灸等方法治疗，言语障碍可以通过言语康复治疗。最常见的肢体功能障碍可以通过运动疗法，关节松动疗法，低频脉冲电治疗，生物反馈治疗，电动起立床训练，减重训练以及传统康复治疗如针灸等。
中药康复治疗：在软瘫期多使用有益气活血通络作用的补阳还五汤加减。其他康复方法如：重视心理治疗，建立患者良好心理状态，使患者主动参与进行肢体运动的康复训练，对残疾功能的恢复也极为重要。