治疗包括病因治疗和对症处理两方面。已明确病因者，应尽早采取措施，去除病因。如抗感染、清除进入体内的毒物、颅内占位病变的去除、补充缺乏的维生素和营养物质等。病因已不存在或无法去除者，则宜采取有效措施，维持正常生理功能，消除精神障碍。急性器质性精神障碍的病人，常有精神运动性兴奋，可口服药物镇静，也可加用肌肉注射。由于镇静作用较强，可引起体位性低血压，所以对年老、血压偏低或有呼吸功能衰竭的病人应慎用。
脑器质性精神障碍，这是一种因为脑部受到外伤或者是脑部感染等血管疾病引起的发病。在治疗这个病的时候可以用药物调理治疗，综合性的药物一起治疗效果见效比较好。确诊之后及时治疗，防止会出现后遗症的麻烦。
对兴奋躁动并确诊为非颅内出血所致者，在密切观察瞳孔与意识状态情况下，予以小剂量抗精神病药或抗焦虑药。脑外伤后综合征与神经症采用相应神经症的治疗，恐惧与抑郁可选用三环类抗抑郁药治疗，脑外伤后精神病可选用抗精神病药治疗。
一般情况下，脑器质性精神障碍是否能恢复，需要根据实际情况来判断。
大部分由脑梗死、脑出血、脑外伤等原因造成脑器质性精神障碍，这种脑器官损伤是不可逆的，一般会持续很久，一般都是通过口服抗精神病药来进行治疗，通常不能恢复。脑炎、多发性硬化、病毒性脑炎、脑炎等都是可以治愈的，通过对原发性脑病进行积极的处理，可以使其恢复到原来的水平，这种情况下通常能够恢复。
脑器质性精神障碍和由精神障碍引起的身体障碍往往不能完全分离。行为疗法可能有助于改善痴呆患者的不良行为。脑器质性精神障碍的发病率也明显的增高了，症状有头晕恶心。容易疲劳，记忆力减退等，有时还会伴有呕吐，眩晕，神经营养药可以有一定的效果。
老年脑器质性精神障碍可以通过药物治疗，老年脑器质性精神障碍是指由脑部组织形态改变所致的精神障碍，并以此区别于所谓的功能性精神障碍。后者主要指限于目前的科学水平，尚未发现的形态学改变。