脑干和小脑栓塞考虑为心源性栓子引起的可能性大，如果发病六小时内送至医院，完善头颅血管检查，确定为基底动脉闭塞，经评估后可以心血管介入手术，但是存在再灌注损伤出血的风险。如果错过了手术的时间窗，就只能通过口服和静脉用药，抑制颅高压和脑疝的发生，同时防止病情进一步恶化。
脑栓塞是脑动脉主干或皮质支动脉粥样硬化导致血管增厚，管腔狭窄闭塞和血栓形成，出现局灶性神经系统症状体征，而脑栓塞应该及早及时的治疗，这对于降低死亡率，减轻后遗症。血液中的血小板、胆固醇、纤维蛋白等物质，便在血管壁上沉淀下来，慢慢的沉淀物越积越多，如果再合并有高血压、动脉硬化等疾病，就会导致脑血栓形成了，其实轻微的脑血栓，只要积极地去治疗就会慢慢痊愈了，但是一定要积极的去治疗。
一般情况下，房颤患者心房收缩功能丧失，出现快速颤动的情况。这种快速的颤动，通常会导致心房内的血液流速变慢，使得左心房内的左心耳可能会形成血栓。一方面是因为左心耳是盲端组织，血流速度比较慢，另一方面是因为左心耳里面有很多梳状肌，这些都会增加血栓形成的几率。如果血栓脱落，这些栓子就会随着血液循环到达身体的各个部位。最常见的就是脑部，造成脑栓塞。
脑梗塞能否治好，取决于治疗是否及时。如果病人在脑梗塞后三个小时内接受溶栓治疗，部分病人可完全恢复，且不留后遗症。如果脑梗塞错过治疗的时间，脑梗死中心的坏死区域是不能够恢复的，但是通过后续的内科治疗可以改善循环，配合康复治疗，使缺血区域有所改善。
对病因治疗，还是比较重要的，要查明栓子的来源，要进行及早的治疗，尤其是要针对栓塞的病因来进行治疗，这样就可以治愈。应卧床休息，保持呼吸道的通畅和心脏功能；注意营养状况，保持水和电解质的平衡；加强护理，防止肺炎、泌尿系感染和褥疮的发生。脑栓塞本身的治疗原则是要改善脑循环、防止再栓塞、消除脑水肿、保护脑功能。抗凝及溶栓治疗，抗凝治疗禁忌及非心源性栓塞者最好不要抗凝治疗，可采用抗血小板治疗。