在急性期通过正规治疗，较少出现脑炎后遗症，多数患者预后较好。病情严重者可出现后遗症。根据脑组织损伤部位不同，临床表现多种多样，如痴呆、言语障碍、哭笑无常、多汗，以及癫痫发作，即反复抽搐。
痴呆、记忆力及理解减退、智力低下、表情淡漠、眼神呆滞、哭笑无常、攻击性行为、易激惹、还有失语、语言迟钝、瘫痪、吞咽困难、视神经萎缩、耳聋、癫痫等神经系统损害；兴奋多动等精神状态及认知功能异常。
精神异常：刚开始的时候表现为头痛、呕吐、嗜睡，有时候还会昏迷、惊厥、患儿的脑干、小脑等处会有异常的表现，当孩子出现类似的情况后一定要及时送往医院救治，这就可以防止病情的恶化。而且很可能是患儿的大脑局部畸形，所以才会表现出神经方面的异常。
脑炎后遗症会引起精神异常，其中表现为兴奋多语、烦躁，行为怪异，有的患者还可能导致严重的失眠，甚至会产生幻想，或表情冷淡、活动量减少、食欲减退、有的还会出现记忆力衰退、大小便失禁等。
异常兴奋：患儿的精神出现极度的兴奋，伴随着失眠、幻觉、多语、记忆力减退等，有时候还会表现出眼神呆滞、耳聋、大小便失禁等症状。这些都是非常明显的症状，家人一定要及时发现，这样就不会拖延病情。由于这些症状都会影响患儿的大脑神经，所以在发病时一定及时制止一些不良行为。
儿童脑炎后遗症症状多为一侧上肢瘫痪或双上肢瘫痪。意识障碍，甚至去皮质状态等不同程度意识改变，颅压增高症状，多数可完全恢复，但少数遗留癫痫、肢体瘫痪、智能发育迟缓等。
