想要诊断为脑干脑炎，须结合病人病史，体检、对应辅助检查方可诊断。通常可在头颅上进行磁共振检查，若病人有脑干之病灶，经头颅磁共振检查，特别是平扫+强化检查，可在病人脑干上找到某些病灶。另外还有就是脑嵴液和血液等相关的检查和分析也非常重要，因为这些都能够对脑干脑炎做出明确的诊断。另外，需配合病人脑脊液检查，例如可采用腰椎穿刺的方法，留脑脊液作相应检查。在脑嵴液中也会有很多病毒或者蛋白成分，这些都可能导致出现脑膜炎等并发症。如病人的颅内压相对较高，细胞素相对较多，接着病人生化，特别是脑脊液有异常现象，通过检测相应抗体，并对部分细菌进行了培养，病人配合头颅磁共振之检查，它可诊断为脑干脑炎。
如果患上了脑炎，需要做以下检查：
1.脑电图：应该做一个脑电图，这样做既不会造成损伤，也不会造成损伤，会发现是否存在缓慢的波动。如果出现了很多缓慢的信号，说明大脑皮质受了损伤，那么就可以做出相应的判断。
2.腰椎穿刺：需要做腰椎穿刺，通过腰椎穿刺可以观察到脑脊液的颜色、压力，同时还可以化验一些常规和化学指标，这在脑炎的诊断和鉴别中起着非常关键的作用。另外，还可以检测到脑脊液里面的病毒，一旦找到了病毒，就能诊断出脑炎。
3.脑部的MRI：可以显示出某些不正常的征兆。
脑炎的诊断脑炎属于病毒性脑炎，化脓性或结核性脑炎，应视临床之表现而定，及早期症状，以及与之相伴出现的病症等。
其次要了解患者是否感染了结核分支杆菌，如果不需要治疗，应该先隔离一段时间。还得配合化验屎，主要检查为脑脊液，其中，以白细胞计数为主进行观察，中性粒细胞与单核细胞之比，并观察蛋白定性和蛋白身高是否还下降，糖和氯化物均可判定。
脑炎确诊可以依据，临床症状表现为发热，头痛，呕吐，抽搐，严重者出现昏迷。体格检查，脑膜刺激征阳性或颈部僵硬。脑脊液穿刺检查，脑脊液外观清亮，细胞数正常或偏高，以淋巴细胞为主。病毒检查，如单疱病毒，腮腺炎病毒检查，使临床治疗更有针对性。是要及时的接受治疗。
建议做脑电图（EEG）进行检查。同时进行常规血常规检查及腰椎穿刺脑脊液抽提检查。疑似脑炎的病人需要腰椎穿刺检查脑脊液进行诊断，否则只能被怀疑，容易延误治疗。腰椎穿刺时应局部麻醉，无特殊疼痛。对儿童的身体健康和智力发展没有影响。
脑炎的诊断通常要做腰椎穿刺和脑脊液的检查，主要包括脑脊液的压力、脑脊液的细胞数，糖，蛋白和细菌的涂片，可以检测到细菌、真菌、结核杆菌，也可以进行抗体的检测，例如某些病毒的抗体和寄生虫感染的抗体。此外，由于中枢神经系统脑转移瘤所致的副肿瘤性脑炎，也可以进行肿瘤标记物的检测，通常需要做腰椎穿刺脑脊液的检查，以确定脑炎的种类。