脑炎后遗症的症状轻重不一，主要表现为精神方面异常。有不同程度的肢体运动障碍、智力障碍、失语、眼球麻痹、吞咽困难等后遗症。随着病情的恶化，会导致压迫神经，出现了脑活动不正常的现象。
痴呆、记忆力及理解减退、智力低下、表情淡漠、眼神呆滞、哭笑无常、攻击性行为、易激惹、还有失语、语言迟钝、瘫痪、吞咽困难、视神经萎缩、耳聋、癫痫等神经系统损害；兴奋多动等精神状态及认知功能异常。
大部分的脑炎后遗症几乎都有发热，头痛，神经受损及脑膜刺激征共同的表现，一般患者都需要脑脊液的检查。如果是病毒性脑膜炎的话，脑脊液的检查为蛋白含量轻度增高，糖和氯化物含量正常；如果是化脓性脑膜炎的话，脑脊液中白细胞数较高。
精神异常：刚开始的时候表现为头痛、呕吐、嗜睡，有时候还会昏迷、惊厥、患儿的脑干、小脑等处会有异常的表现，当孩子出现类似的情况后一定要及时送往医院救治，这就可以防止病情的恶化。而且很可能是患儿的大脑局部畸形，所以才会表现出神经方面的异常。
在急性期通过正规治疗，较少出现脑炎后遗症，多数患者预后较好。病情严重者可出现后遗症。根据脑组织损伤部位不同，临床表现多种多样，如痴呆、言语障碍、哭笑无常、多汗，以及癫痫发作，即反复抽搐。
脑炎后遗症会引起精神异常，其中表现为兴奋多语、烦躁，行为怪异，有的患者还可能导致严重的失眠，甚至会产生幻想，或表情冷淡、活动量减少、食欲减退、有的还会出现记忆力衰退、大小便失禁等。