一般来说，打乙脑疫苗后发烧39度的原因如下：
疫苗的副作用可能会导致患者出现打乙脑疫苗后发烧39度的情况。正常情况下，发烧症状的时间不会持续太久，基本会在3天内缓解。口服布洛芬混悬液，多喝温水以及温水擦拭身体的物理降温方式都可以有效改善症状。
日常生活中，患者应注意多休息，避免过度劳累，保持心态平和，不要有太大的精神压力，还要注意个人饮食，多吃新鲜的蔬菜和水果，保证营养均衡，有利于身体恢复。
一般情况下，宝宝接种了疫苗之后会发热，要根据发热的具体情况进行分析，比如咳嗽、打喷嚏、流鼻涕等，可以考虑是上呼吸道的疾病，可以口服小儿氨酚黄那敏颗粒、小儿头孢克肟、鲜竹沥口服液等药物进行治疗；宝宝出现腹泻、呕吐等症状时，可以口服妈咪爱、蒙脱石散、乳酸菌素片等药物进行治疗。体温38.5摄氏度以上要吃退烧药，没有明显的表现，可能是因为打了一针流感引起的发热，可进行物理降温。
打完乙脑疫苗后发烧可以先进行物理降温，比如擦拭身体，用毛巾冷敷额头，多喝水饮食清淡等，先不要用药，三天再不好就到医院检查一下，宝宝是由于打疫苗后引起的发烧,也就是说是接种反应,是正常现象。
儿童接种乙脑疫苗后，是比较容易发热的。疫苗属于人工自动免疫抑制剂，这对于宝宝来说，是一种外来物质，会激发宝宝的免疫系统而出现身体的发热。这种热不会超过38度，不会有明显的不适症状，短期以内就会消失，也可以采取物理降温的方式去控制体温。
一般情况下，注射乙脑疫苗后会出现恶心、发热、肿块、局部微红等症状。有一些婴儿在24小时之内就会发烧，但是如果体温在38.5℃以上，就可以使用退烧剂了。如果体温在38.5摄氏度以下，可以选择物理降温，也可以贴退热贴。回到家里要给孩子多饮水，这样可以降温，加快身体的新陈代谢，防止发烧，家长应注意观察孩子的反应，如有不适，及时就诊。
孩子打完乙脑疫苗后发烧一般不会超过三天,乙脑疫苗作为外源性的致热源,可以引起机体发热,这种发热一般大部分孩子都是低热,很少有高热的,持续时间不超过三天,大部分孩子在一天左右。另外，乙脑疫苗接种后的不良反应还包括注射局部红肿、疼痛以及食欲不振、胃肠不适等消化道症状，一般持续3天左右就会自动消失。在生活当中也应当注意，不要过度的情绪激动，不要吃热性的食物，多吃蔬菜水果。