妇女孕中、晚期查彩超时，胎儿颅内囊肿明显，此时应考虑羊水穿刺以进一步诊断囊肿性质。
若是真的羊水穿刺不正常，同时考虑到胎儿畸形的话，那么就要尽早引产来终止妊娠了，毕竟胎儿畸形生产分娩之后痊愈的可能性相对较小，并且费用也是特别大的。如胎儿颅内囊肿相对较小，羊水穿刺正常，则可考虑继续怀孕，同时追踪复查彩超观察囊肿大小改变。
如果没有什么不适症状，暂时观察就可以，不需要调治，半年复查一次，脑部囊肿多是先天性病变，另外某些后天性理化刺激也可以引起脑部囊肿，脑部囊肿都是良性病变，可以磁共振增强检查，明确囊肿的性质。
脑左侧囊肿需要在医生指导下手术治疗。如果说治疗效果不明显，就要及时通过采用坐浴的方式来进行治疗。或者说是用全身化疗或放疗的方式进行治疗。养成良好的饮食习惯，不要吃油腻刺激辛辣的食物，补充维生素来增强自身的免疫力。
大脑碟窦囊肿大多是属于脑梗塞的后遗症状。蝶窦囊肿如果没有发生压迫神经症状如头晕、呕吐等症状，是不需要治疗的。如果囊肿非常大需要手术切除的，由于囊肿压迫正常的脑组织所以才会引起疼痛的。
脑里有囊肿需要手术治愈。对于寄生虫囊肿，需要杀虫治愈。如果无法控制病灶，出现病灶进行性增大或者游走现象时，需要手术处理取出囊肿，或立体定向手术把囊肿摘除掉。
女性如果在检查发现胎儿头部有囊肿，但是这囊肿小于一厘米以下，可以考虑半个月后，看囊肿的增长大小。但如果囊肿明显增大，就应该考虑做羊水穿刺来进一步确诊囊肿性质，如果羊水穿刺出现染色体异常，就应该考虑尽快住院进行引产。