头部囊肿的治疗，主要是依照囊肿的性质及囊肿所生长的部位，决定相应的治疗方案，比如对于蛛网膜囊肿，是一种先天性疾病，对于大多数不需要特殊处理，定期随访观察即可。
于皮脂腺囊肿引起的，可以到医院就诊，在医生的检查后采取手术切除治疗比较好，术后定期无菌换药及拆线，在医生的指导下口服药物预防伤口感染。治疗期间伤口不要接触水源，禁辛辣刺激食物禁酒。定期到医院复查以便及时调整药物治疗。
头部有囊肿的治疗是应该进行手术切除的，脑囊肿是指脑组织与其附属物形成囊性肿物，并产生不同程度的脑压症状的病症。脑囊肿属良性赘物，因其体积庞大产生对脑压迫，形成脑的占位病变之一。
如果皮下囊肿的情况在短时间内没有什么明显变化的话，可以先不用处理的。如果短时间内生长迅速，或者是有疼痛，红肿溃烂等情况的话，需要及时去医院的普外科就诊，进行手术治疗。头上长了皮下囊肿，这是皮脂腺囊肿，是腺体阻塞的原因，容易感染的。皮脂腺囊肿，这个是外科疾病，可以去医院外科手术治疗的，这是小手术，不要担心。
对于成年人不需要特殊治疗。对于儿童，囊肿增大会影响到脑实质的发育，成年人出现症状时可以采用外科技术干预进行治疗。囊肿的形成是包裹，必须将囊肿的包膜打开，把囊肿形成的占位效应去除，把囊壁打开，还可以采用囊肿切除术，或者囊壁部分切除术，以及囊肿分流术。
腱鞘囊肿可伴有长期劳损、感染等，伤害和其他原因之间存在某种联系。患者一般会出现一侧或者双侧疼痛的症状，也有一部分是单侧疼痛。以病部圆形肿块为主，有些酸疼。随着人们生活水平不断提高，越来越多的人患有不同程度的腱鞘炎症状。对腱鞘囊肿有非手术治疗与手术治疗两种。非手术治疗就是用药物或者是针灸来进行治疗。保守治疗是用挤压的方法将腱鞘囊肿击碎，接着，泡液就渐渐地自己吸收了，但也存在一定复发机会。手术疗法是对已经发生了病变的患者进行彻底的破坏。操作方法是可摘除腱鞘囊肿，手术后注意防护，避免反复发作。
