流脑是由于细菌感染的脑膜炎症，乙脑是由于病毒感染的脑实质的病变，也就是大脑炎。两种疾病所使用的药物是明显不同的，流脑通过自己的治疗，会完全康复的，大脑炎的病症比较严重，通过治疗部分患者，未留有后遗症状。
乙脑自费和免费的区别通常是适应证。
乙脑是亚洲最普遍的一种病毒性脑炎，其传染途径主要是由蚊虫和猪组成。在无禁忌的情况下，通常可以免费接种乙脑疫苗。但如果儿童有对硫酸庆大诺素过敏、免疫缺陷、免疫功能减退、或正在进行免疫抑制治疗等情况，可能不适用于免费疫苗，可以自行自费接种乙脑灭活疫苗，以预防感染乙脑，防止影响自身的身体健康。
乙脑炎和化脓性脑膜炎这两种病区别就是感染的部位不太一样。脑膜炎是大脑表面的包膜发生炎症，症状较轻，主要表现为头痛和呕吐等症状，如果治疗及时的话，效果还是比较好的。大脑炎是大脑实质的炎症，一般症状相对较重，主要表现出来就是昏迷和抽搐，即使及时治疗，也有可能会留下后遗症的。疫苗还是需要年年打的。
乙脑减毒活疫苗和乙脑灭活疫苗的区别是在于维持的时间不同。乙脑减毒活疫苗接种次数比较小，一般是只需要接种两次，而且维持的时间也会比较长，而且真空干冻可以长期的保存，乙脑活灭疫苗是一种免疫原性的一种生物制剂，优点是注射以后毒力不能回升，安全性比较好也比较稳定，注射以后维持的时间会比较短，大概只能维持3年到5年左右，需要多次的接种。
脑膜炎双球菌疫苗就是流脑疫苗，并不是乙脑疫苗，不能混为一谈，其实乙脑也就是们所俗称的流行性乙型脑炎。注射流脑疫苗是为了预防流行性脑脊髓膜炎。所以脑膜炎双球菌是流脑。
乙脑（减毒）疫苗和乙脑疫苗的区别，疫苗是一种病毒，而乙脑疫苗中的细菌经过技术处理完全丧失活性，而乙脑减毒疫苗仍保留一定的毒力但不足以致病，但缺点是免疫缺陷的人接种可能会导致意外，所以理论上灭活疫苗安全性更高，减毒疫苗免疫效果更好。