如果囊肿非常小，没有引起临床症状，尤其是没有垂体激素水平下降的症状，一般不需要进行治疗，但一定要注意密切随访，定期复查。主要是根据囊肿的大小和临床症状，进行针对性治疗。
垂体囊肿可以通过手术去除，可以开颅手术采用额下外侧入路，另外一个是经鼻蝶手术，也就是通过鼻内镜手术。前者的手术创伤大，后者的创伤小一些。当然，囊肿是良性的病变，如果现在囊肿很小，没有影响垂体功能，是没有必要做手术的，这不会有什么特别的影响。只有囊肿非常巨大，对于垂体和视神经造成压迫出现明显症状的，才有必要做手术处理。
脑下垂体蝶鞍部囊肿大多数是先天性发育异常造成的，会压迫脑垂体引起神经压迫症状，是有危险性的。病人应该及时到正规的医院进行检查，要注意休息，多吃新鲜的蔬菜和水果，尽量不要吃辛辣刺激的食物。
腱鞘囊肿可伴有长期劳损、感染等，伤害和其他原因之间存在某种联系。患者一般会出现一侧或者双侧疼痛的症状，也有一部分是单侧疼痛。以病部圆形肿块为主，有些酸疼。随着人们生活水平不断提高，越来越多的人患有不同程度的腱鞘炎症状。对腱鞘囊肿有非手术治疗与手术治疗两种。非手术治疗就是用药物或者是针灸来进行治疗。保守治疗是用挤压的方法将腱鞘囊肿击碎，接着，泡液就渐渐地自己吸收了，但也存在一定复发机会。手术疗法是对已经发生了病变的患者进行彻底的破坏。操作方法是可摘除腱鞘囊肿，手术后注意防护，避免反复发作。
肌腱囊肿可保守治疗，也可以手术进行治疗。
肌腱囊肿又称为腱鞘囊肿，指肌腱腱鞘或关节处的韧带发生劳损性炎症，引起局部组织膜下积液，积液量渐多，可形成囊肿。腱鞘炎主要是因为长期的紧张劳累以及不良生活方式等因素造成。腱鞘囊肿可局部压揉，有时可将积液捏碎吸收囊壁粘连即可。如囊肿较大，不只影响美观，也会带来痛苦，就必须考虑手术切除。
