运动神经元病没有特别有效的药物，而且病人的预后是不良的，治疗费用也是比较高的。当病人出现了急性期呼吸衰竭，还有就是进食困难、饮水呛咳的症状，治疗上主要就是要给予营养支持的治疗，比如给予病人呼吸机通气，还有就是因为进食困难要给予病人留置胃管，维持营养状态来进行治疗。
运动神经元病的治疗方法包括病因治疗，对症治疗和支持治疗。对症治疗主要包括呼吸困难的病人，严重时可以上呼吸机，运动神元病是一组病因未明的选择性侵犯脊髓前角细胞，脑干后组运动神经元，皮质锥体细胞以及锥体束的慢性进行性神经变性疾病.。可以出现肌无力，肌萎缩，感觉和括约肌功能不受影响，严重时可以出现呼吸衰竭和吞咽困难。
这一种神经源性疾病，多考虑为这种四肢无力，免疫系统的一种受损情况。及时到专业的免疫科和神经内科来做出一个明确的判断来选择这一种药物干预的治疗方式，一般为激素或者是免疫抑制剂以及营养神经和细胞的药。
运动神经元病的治疗有药物治疗，可通过抗兴奋性氨基酸毒性药延缓早期疾病的发展，通过肌松药、抗氧化药等减轻病人关节挛缩、关节僵硬、流口水等症状；氧疗，对于呼吸无力的患者，可通过家庭简易呼吸机进行氧疗，减轻病人呼吸困难或者呼吸衰竭的症状；手术治疗，若病人吞咽功能障碍，短期内可留置胃管，长期可进行胃造瘘术；心理治疗，可通过心理评估及心理疏导辅助患者认识疾病、正视疾病。
一般情况下，运动神经元病是以肌肉无力及萎缩突出表现的慢性进行性神经系统变性疾病。具体内容如下：
运动神经元病主要表现是一侧或者双侧的手指不灵活，无力，随着时间的延长出现手部小肌肉萎缩，双手可呈鹰爪形。
患者在日常生活中应保持良好心态，积极配合治疗，遵医嘱用药，并努力纠正不良生活习惯。定期复查，以便医生了解治疗效果，及时调整治疗方案。
运动神经元病的治疗，需要采取以下措施：
1、确定神经受损的位置和严重的程度，通过对神经的表现，可以确定受损的位置，这要求医师具备良好的解剖学和丰富的临床实践，才能做出相应的处理。
2、如何选用治疗方法。多数为局部的神经损害，例如牵拉伤、撕裂伤等。少数是全切的，例如被刀子割等。以神经吻合术为主，局部创伤以康复为主。
3、修复神经。神经的修复是一个很慢的过程，根据受损的程度和恢复的速度，一般需要一到两年的时间。
4、康复治疗。在康复训练中，对于运动神经元疾病，神经肌的电刺激疗法是一种很好的方法。